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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何确定起始密码子ATG
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qianggene

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何确定起始密码子ATG

各位虫友，你们好，我想知道如何确定我克隆的序列是否包含完整的编码区，因为做了很久5‘，总是做不出来，但偶然间发现我现已有的序列拼接起来已经可以找到一个较长的ORF，翻译成蛋白质后在NCBI上BLAST，发现和其他物种的该蛋白序列相比对后，其起始比对位置在1，2，3，10.....等位置，把该核苷酸序列进行比对，发现和其他物种的起始密码子已经对上，且ATG之前还空有19个核苷酸。
但是，今天发现一个问题，就是那19个核苷酸的后18个也可以翻译成氨基酸。那么，请问，我的ATG到底是不是起始密码子吗？
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1楼 2010-01-03 19:20:28
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runxiaoli

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我觉得软件寻找ATG的原则应该就是从该序列的第一个起始密码子进行翻译的。我查看了一下我的基因，ATG 前面是不能翻译成起始密码子的，你要不也多下载几个同源基因全长，看这些基因起始密码子前面的序列是否能翻译成氨基酸，如果能的话，也许你 就是扩到全长了，如果不能翻译，也许前面还有需要扩的序列，个人拙见，希望可爱的楼主能有所收获。。。。嘻嘻。
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4楼2010-01-04 10:43:35
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695

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
可以对比起同源物种或者几个物种的同基因，进行确定，我就是这么办的
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2楼2010-01-03 19:51:09
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ATG之前还空有19个氨基酸是什么意思？
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3楼2010-01-04 09:19:57
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qianggene

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-1-4 09:19:
ATG之前还空有19个氨基酸是什么意思？

就是我现有的序列中，在我认为的起始密码子之前的5‘-UTR也能翻译成氨基酸，不是19个氨基酸，是19个核苷酸，这其中的18个可以翻译成氨基酸。
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5楼2010-01-04 13:13:47
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