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qianggene

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何确定起始密码子ATG

各位虫友,你们好,我想知道如何确定我克隆的序列是否包含完整的编码区,因为做了很久5‘,总是做不出来,但偶然间发现我现已有的序列拼接起来已经可以找到一个较长的ORF,翻译成蛋白质后在NCBI上BLAST,发现和其他物种的该蛋白序列相比对后,其起始比对位置在1,2,3,10.....等位置,把该核苷酸序列进行比对,发现和其他物种的起始密码子已经对上,且ATG之前还空有19个核苷酸。
但是,今天发现一个问题,就是那19个核苷酸的后18个也可以翻译成氨基酸。那么,请问,我的ATG到底是不是起始密码子吗?
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ATG之前还空有19个氨基酸是什么意思?
3楼2010-01-04 09:19:57
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695

木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
可以对比起同源物种或者几个物种的同基因,进行确定,我就是这么办的
2楼2010-01-03 19:51:09
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runxiaoli

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我觉得软件寻找ATG的原则应该就是从该序列的第一个起始密码子进行翻译的。我查看了一下我的基因,ATG 前面是不能翻译成起始密码子的,你要不也多下载几个同源基因全长,看这些基因起始密码子前面的序列是否能翻译成氨基酸,如果能的话,也许你 就是扩到全长了,如果不能翻译,也许前面还有需要扩的序列,个人拙见,希望可爱的楼主能有所收获。。。。嘻嘻。
4楼2010-01-04 10:43:35
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qianggene

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-1-4 09:19:
ATG之前还空有19个氨基酸是什么意思?

就是我现有的序列中,在我认为的起始密码子之前的5‘-UTR也能翻译成氨基酸,不是19个氨基酸,是19个核苷酸,这其中的18个可以翻译成氨基酸。
5楼2010-01-04 13:13:47
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