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cdl007木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】100金币求助怎么判断一个基因在通路里的重要性
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如题 比如我认为FAK受调控和调控别的蛋白数目总和显著大于ILK，是否可以说在这个通路里FAK 比ILK重要 |
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qingfengwu
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cdl007(金币+20,VIP+0):我也有这方面的想法，有机会多多交流 1-10 19:28
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我觉得具体问题具体分析吧。现在发展的生物学还不能说一个复杂的信号通路中谁重要谁不重要吧。 在某个生物学过程中，其中一条信号通路被激活了，比如cdc42-Rac-MEK-ERK ;在另外一各生物学过程中，另外一条信号通路被激活了，比如Src-Rho-PIP3-Ca-CaMKII。这两条信号通路在一定条件下会发生crosstalk，在另外一个条件下不会发生crosstalk。或者某个分子在比较多的生物学过程中都参与了，但是对于其中某个生物学过程它的重要性并不是很大。举个例子，有很多scaffolding protein在众多的生物学过程中都参与了，但是你不能说它的作用比那些趴在它上面的功能蛋白重要。 我们曾经试图用软件分析一个复杂通路，来寻找你所说的结点蛋白吧。但是计算结果不是很convincing。我觉得，你问的问题是一个很大的科学哲学问题，终有一天它会得到解决的，但是现在还不行，这需要很多信息生物学家和试验生物学家和数学家将来相互合作来解决这个复杂混沌理论中的问题。 |
2楼2009-12-31 17:25:53
3楼2009-12-31 18:04:58
zhuifeng7000
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5楼2010-01-03 11:10:48
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cdl007
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7楼2010-01-03 15:40:44
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cdl007(金币+80,VIP+0):3x 1-13 21:22
cdl007(金币+80,VIP+0):3x 1-13 21:22
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一个图的关键节点，关键与否要看删除这个节点，图是否还是一个通图，你的这个显然不是（而且这个做实验是可以验证的，删除了一些蛋白质细胞就死了或者癌变了） 你这个图好像应该是跟癌变和凋亡相关的，能否按照这些蛋白或者相互作用在几期癌症患者的出现的频率加以打分？这只是一个建议，但是我没有找这方面的文献，权重是根据你要研究的目的来考虑的，所以你再查查文献 |
8楼2010-01-12 16:12:02