应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 无机/物化 » 经验交流 » 【资源】说说我学过的化学信息学
61/1返回列表
查看: 1697  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yinanjieda

木虫 (正式写手)

[交流] 【资源】说说我学过的化学信息学 已有1人参与

这学期学了一学期的化学信息学，其几天为了准备复习到小木虫上搜了一下，发现这上面关于化学信息学的帖子几乎都将化学信息学理解为化学文献的检索、利用和管理了，这实在是低估了化学信息学作为一门新兴学科的潜力！
    我上的化学信息学是学院的一门D类课，课程前半部分由一位李姓老师讲文献检索、利用、管理和常用数据软件的简介，大体上介绍了ACS、ISI Web of knowledge、Interscience等数据库的使用和检索技巧，Endnote等文献管理软件的使用和Origin数据分析软件；课程后半程由邵学广老师讲复杂化学分析信号中的信息提取方法（简介了Matlab使用方法），具体讲解了主成分分析，偏最小二乘法等因子分析方法。邵老师是国内最早接触化学信息学的人之一，著有《化学信息学》。下面是他实验室的链接http://chinfo.nankai.edu.cn/。

[ Last edited by yinanjieda on 2010-1-2 at 17:49 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

前沿技术

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
个人意见，酌情参考
1楼 2009-12-31 14:04:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
看来您的检索功夫还不到家啊。

关于文献检索，从来都不属于化学信息学（chemoinformatics）。

至于用MatLab搞图谱统计分析，严格说来，属于化学计量学（Chemometrics）。

不过，愈汝勤院士、徐筱杰院士、邵学广、梁逸增、李华等，为了让化学信息学能够获得更大的发展，对于化学信息学最原始的范畴（即：为了药物设计，从大量分子结构中筛选具有某些结构特点的分子，参见《用于虚拟筛选的小分子化合物库使用专业导读》http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1765770）进行了扩充，在全国计算机化学会上，愈汝勤院士还特别做过发言。但是，象陈敏伯等，则对此持批评态度。

这样吧，为了庆祝2010年元旦，老汉把箱子翻翻、晾晾，聊表心意。

以下是老汉在小木虫上关于化学信息学的帖子：
不过，有些已经是几年前的了，所以有可能失效了。

化学信息学释疑
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=220153

化学信息学是谁最先提出来的？
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=238233

为什么说化学信息学不是文献检索？
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=238892

计算机化学和化学信息学联系和区别
http://muchong.com/viewarticle.php?id=237776
一、历史回顾

早年间（80年代），计算机开始进入中国，而在化学领域，开始主要是化学数据库、仪器分析接口等，叫做“计算机在化学中的应用”。这方面的一些“先驱“人物包括
俞汝勤院士、陈凯先院士等，还有中科大的张懋森（刚去世？）、应化所的许禄、南开林少凡、有机所袁身刚（去世）、还有周家驹、徐筱杰、陈念贻、俞飞白等。年轻一些的，有邵学广、来鲁华、徐峻（出国）、程文堂、陆文聪等。还有很多，恕不一一列出。

老汉对“计算机在化学中的应用”这个词耿耿于怀多年，常开玩笑说：

- 物理化学是物理在化学中的应用
- 有机化学是CNOSP在化学中的应用
- 分析化学是电子线路在化学中的应用
- 元素有机是金属-半金属在有机化学中的应用

因此，老汉一直主张“计算机化学”这个词。科学出版社在2000年出版了一套“计算机化学化工丛书”，南开大学乔园园2005年也出了一本教材《简明计算机化学教程》，总算替“计算机化学”正了名。

二、研究范畴：

2000年，徐筱杰在《大学化学》有篇文章，谈“化学信息学”研究范畴，邵学广等也出版了化学信息学的教材，现在已经第二版。正如老汉在《化学信息学释疑》中所谈的，化学信息学是关于（有机）分子拓扑结构信息的，为药物设计服务的。

而计算机化学的范畴要更广泛。
一般而言，计算机在化学中有以下主要的应用领域：

- 化学数据库（老汉管这个叫化学情报学，呵呵）
- 化学计量学与‘化学人工智能----‘谱图解析/结构解析（CASE）
a)化学计量学 主要提高谱图质量、用数学变换，从谱图中发现更多信息
b)‘化学人工智能‘ 主要是模拟人工进行谱图-分子结构、分子结构-谱图（谱图模拟）
- 化学信息学
- 化学统计学 （罗旭出版《化学统计学》，主要侧重统计学方法、模式识别、优化等，不是很强调计算机，但是，没有计算机程序，如MatLab怎么行?呵呵，也算近来吧）
- 计算化学 ----量子化学、分子力学、分子动力学
- 有机合成 --- CAOS, 化学人工智能：有机合成路线设计，难！
- 硬件 - 仪器开发
- 教学 - CAI

结论：
计算机化学是一个大的概念（或领域），而化学信息学是较小、较专门的方向。

以下这些，都是老汉早期的帖子，请您过目：

关于国内从事计算机化学研究的一些情况
http://muchong.com/viewarticle.php?id=237889

关于国外计算机化学研究的情况
http://muchong.com/viewarticle.php?id=237891

五言长诗 谈《未来化学学科的发展趋势》
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=374209

五言长诗：从外行人的眼里远看“21世纪的分析化学”
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=377887

计算机辅助有机合成的历史与人物（中国）
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=369487

计算机辅助有机合成的历史与人物（外国）
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=369471

关于计算机辅助有机合成的更正与补充
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=370655&fpage=2

关于计算机化学的书籍
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=237895

[ Last edited by yalefield on 2009-12-31 at 20:24 ]
赞一下 回复此楼
2楼2009-12-31 18:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
这个帖子，是老汉关于网友介绍外国教授工资的一些评论。
http://muchong.com/html/200612/378410.html
其中，有一段也算是自述之一：

君不见，
网易开国前大佬，DNA绰号莫等闲
有称前辈有典范，还有知己天涯边
谷歌百度全搜遍，老汉涂鸦飞满天
指点江山缺长笔，化解迷津谆谆言

木虫襁褓幼儿园，老汉频访已经年
最高一帖五八回，访问已达四五千
挥金如土不胜数，扁豆花开诗满坛
旗帜鲜明呼保义，高唱江水绿如蓝

看网友发《化学发展简史》http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1213105
觉得很累，不如念念老汉的打油诗。俺本来是打酱油的。

化学发展简史 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1214318

化学起源早，早知用火烤。
烤烧容易糊，因此找到陶。
陶脆青铜硬，铁器才算好。
生产力发展，这些少不了。

萌芽源实践，万年慢迢迢。
炼丹联医药，长生梦不老。
炼金求财富，化学成词条。
燃素随感性，定量理论高。

元素周期系，原子互相找。
有机有结构，基础打得牢。
量子争新宠，计算花钱巧。
蛋白生物酶，材料纳米条。

中国也不错，发明同知晓。
造纸裹火药，都让咱碰着。
咱也曾先进，后被人赶超。
各位齐努力，探索看明朝。

另外，whitewatercn网友也转载了老汉的一些帖子：
http://whitewatercn.spaces.live. ... %3d5%26ayear%3d2006

[ Last edited by yalefield on 2009-12-31 at 18:22 ]
赞一下 回复此楼
3楼2009-12-31 18:12:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
老汉与小木虫的渊源
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1144303

小木虫，小木虫，孤独飘零网海中
版主来往叮当响，可怜新人囊倾空
门户朱漆搭高台，论坛黑客探底层
丁香语丝刮新浪，搜狐谷歌倒迅腾

呼如一夜梨花雨，赵丽华伴二点零
博客聚合促维基，难撼必必爱司情
十余年来关节炎，唯有发帖腿不疼
何况尚有金币赚，世外得闲赏论文

教授博士来探看，大一痛贬高中生
硕士夹在众友间，上传下载忙不停
化学生物来领衔，各路齐聚若英雄
提问唯恐不专业，回复避免马甲顶

范文指导攀因子，新闻天下包打听
怪叔掐女打酱油，谁睡梯尾俯卧撑
恶搞爆笑赛痴语，孰料条条假成真
不如老汉颠词汇，欧美找茬也得听

老汉自述之二：

南拳北腿源少林，爬冰卧雪四体勤
N年苟延象牙塔，远渡重洋次等人

物化开路算能量，分析作眼观谱峰
合成乃是家常菜，无机晶体算应用

曾学Fortran玩到死（*），写C抓虫摸秃顶。
Java到处去调试，Perl站内忙运行。

Sybyl死啃SGI，其实Linux也能赢。
加拿大出了个MOE，Accelrys混大名。

体系小了没意思，分子大了还难成。
QM/MM双双上，倚天哪能缺屠龙？

药物设计钱难瞢，材料纳米却好碰。
随便用个能带论，凑上数据来表征。

开源自由思想好，可惜中国贡献轻。
拿来主义未百年，抄袭剽窃已成风。

老汉年迈脑还灵，尚能饭否死硬撑。
岂愿如此衰败体，再捆官僚系统绳？

一台电脑能上网，两指频敲字成行。
三顿素餐吃半饱，四世同堂我据中。

（*） 到死=DOS，微软公司早期的单用户操作系统
----------------------------------
还有一篇短的：

纵横里巷三千里，上下电梯九十层
物化能量做背景，分析谱图当眼睛
基因结构挖信息，合成生化家常饭
计算何足来挂齿，人生总共这些年
早已不做啥学生，晚霞映天别样红

老汉对网友的期望
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=718424&fpage=1

信息时代有网络，随时随地可寄托
素不相识交流好，你来我往聊得多

桃花树林三千棵，不及木虫一帖火
挖坑灌水兼消防，遛过欧洲穿美国

雪国鸟巢飞嫦娥，无极梦幻思乌托
邦邻友好鸡犬闻，管他老汉在哪活

[ Last edited by yalefield on 2009-12-31 at 20:28 ]
赞一下 回复此楼
4楼2009-12-31 18:25:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinanjieda

木虫 (正式写手)
看来是我班门弄斧了...
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-12-31 18:07:
看来您的检索功夫还不到家啊。

关于文献检索，从来都不属于化学信息学（chemoinformatics）。

至于用MatLab搞图谱统计分析，严格说来，属于化学计量学（Chemometrics）。

不过，愈汝勤院士、徐筱杰院士、 ...

赞一下 回复此楼
个人意见，酌情参考
5楼2009-12-31 22:14:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mzytj

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-12-31 18:25:41:
老汉与小木虫的渊源
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1144303

小木虫，小木虫，孤独飘零网海中
版主来往叮当响，可怜新人囊倾空
门户朱漆搭高台，论坛黑客探底层
丁香语丝刮新浪，搜狐 ...

牛人啊，对化学信息学和相关老师都很熟啊
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-04-15 21:26:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yinanjieda 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭