【转帖】用于虚拟筛选的小分子化合物库使用专业导读 - 分子模拟 - DS/Sybyl/Autodock

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tjegg

11楼2012-04-09 16:02:43

tjegg

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18620661楼: Originally posted by yalefield at 2012-04-09 16:02:43:
酒神不怕巷子深
药物抗瘤药理新
羌笛何须吹杨柳
数据库里转乾坤

呵呵，谢谢老汉捧场。你啥时专业改成“高等教育学”了？又跻身教育界了？复合型人才呀！

除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。

12楼2012-04-09 17:52:12

yalefield

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18620666楼: Originally posted by tjegg at 2012-04-09 17:52:12:
呵呵，谢谢老汉捧场。你啥时专业改成“高等教育学”了？又跻身教育界了？复合型人才呀！

俺：特殊符合材料。MOF + 水凝胶 + 石墨烯 + 环湖游艇 + 记忆金属 + 等离子体 + 离子液体，自带回流、旋蒸、减压蒸馏和HPLC紫外检测器。可配原子力显微、离子通道、有机磁性分子、准晶体，可加载B3LYP，MP2及原子拉伸动力学（SMD）和反向QSAR靶标确认模块。

13楼2012-04-09 18:01:36

tsbiochem

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14楼2012-04-10 10:31:31

tjegg

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18620694楼: Originally posted by tsbiochem at 2012-04-10 10:31:31:
这是什么时候的信息啊太老了，chemdiv不光做计算机虚拟筛选的，实体药剂chemdiv目前库存的就有125万种化合物，除此以外每年以15万种新化合物的速度递增。多样性化合物库，靶点化合物库还有天然产物，片段组合，农 ...

这个帖子是很老了，2009年发的，只是最近又被人翻出来了。啥叫“实体药剂chemdiv目前库存”，是试剂吧？他们在上海已经有办事处了？售价大约多少/一个10mg化合物？

[ Last edited by tjegg on 2012-4-11 at 06:36 ]

除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。

15楼2012-04-10 15:03:19

tsbiochem

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16楼2012-04-11 09:48:18

dz0311198206

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15楼: Originally posted by tjegg at 2012-04-10 15:03:19
这个帖子是很老了，2009年发的，只是最近又被人翻出来了。啥叫“实体药剂chemdiv目前库存”，是试剂吧？他们在上海已经有办事处了？售价大约多少/一个10mg化合物？
...

这真是个跨越时光的帖子

这个论坛关于筛选库的帖子并不算多，虽然时隔一年，我也抒发下己见，希望楼主还能看到。
Chemdiv算是多样性还不错的，化合物的价格都是和数量相关的，一个的话要好几百块了。单价和lifechemicals什么的都差不多

[ Last edited by dz0311198206 on 2013-6-9 at 16:49 ]

17楼2013-06-09 14:40:09

dz0311198206

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这个帖子我早就看到过了，写得很透彻，我对虚拟筛选、高通量筛选关注也有些时间了，正好趁这个机会略发拙见，供抛砖引玉吧：
其实虚拟筛选中比较烦的有两个：
一是你从Zinc库里选到合适的分子，但找不到从哪儿买或者压根没有实体库；
二是你找到合适的分子以后因为分散到多家工厂，光是每个品牌1千多的国际运费就比化合物贵了。
其实功夫要做到前面，在筛选之前就要有一个筛选对象选取的思路，这样才能避免做无用功，这些年我的一点心得如下：
A. 不建议方案：
1) ZINC库，emolecules库：这两个属于平台服务性质，收集各个化合物库的公司的数据，放在平台上供大家筛选中。
特点：数据较全，筛着方便，买着麻烦。
劣势：很多筛出来的结果买不到实体化合物，或者筛选结果很分散，要去多个化合物库公司分别购买，效率和性价比都不高；
2） Molport，Ambinter：这两个属于国外的贸易公司，如果从这两家公司购买，他们也是分别订购并加收高额的运费，服务费；

B. 建议方案：直接使用各化合物库公司的电子数据，在单次筛选中只选用一个公司的分子库。这样既可以避免找不到实体化合物的情况,还能降低化合物单价及运费操作费；

常用化合物库介绍：
1） ChemDiv：140万库存分子，1万4千个chemotype，多样性被认为是商业库中最好的，每年新增20万以上的分子，被大量的高通量筛选的客户选用。
2） Lifechemicals：60多万种分子，库存量充足，进入中国市场不算早，价格中等；
3） Enamine也挺不错，他们产品专业性强，就是买得多了以后序号不好认，没按顺序放。 4） SPEC：20多万种分子，价格最便宜，已经有将近10年未更新化合物，现有化合物已经被多次重复筛选；

5）如果想要筛选特色分子已知活性化合物，天然产物，Target库、Focus库等，可以在对应的库中筛选-----当然这些就不是虚筛的人感兴趣的了，我放到这里权作我自己知识库的整理吧。

所以啊，先选工厂，再去找工厂或代理要最新的数据，再筛一家，再买。就O了

[ Last edited by dz0311198206 on 2013-6-9 at 16:52 ]

18楼2013-06-09 15:07:12

dz0311198206

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18楼: Originally posted by dz0311198206 at 2013-06-09 15:07:12
正好趁这个机会略发拙见，供抛砖引玉吧：
其实虚拟筛选中比较烦的有两个：
一是你从Zinc库里选到合适的分子，但找不到从哪儿买或 ...

忘了说了，
合成的多样性库方面，Chembridge和Maybridge更新都比较慢，Chembridge还有不少人在筛，但Maybridge自从被收购以后，更新的已经基本停滞了，且有效产品只是其他家的十分之一或二十分之一，用的人基本很少了。
--似乎能想到就这些了，当然还有其他一些工厂也挺好，只是国内用的人不多，有想了解的咱们再探讨。谢谢楼主启发。

[ Last edited by dz0311198206 on 2013-6-9 at 16:53 ]

19楼2013-06-09 15:19:21

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19楼: Originally posted by dz0311198206 at 2013-06-09 15:19:21
忘了说了，
合成的多样性库方面，Chembridge和Maybridge更新都比较慢，Chembridge还有不少人在筛，但Maybridge自从被收购以后，更新的已经基本停滞了，且有效产品只是其他家的十分之一或二十分之一，用的人 ...

高手，绝对的高手，高手在民间呀。

除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。

20楼2013-06-09 19:24:59