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【neweroica个人文集】DFT-D能量校正项计算程序（EDisp v0.2）
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采用Grimme的计算公式（vdW 2）： S. Grimme, J. Comput. Chem. 27 (2006) 1787. 功能： 1. 用于计算vdW作用体系，得到改进后的DFT作用能和力。适用于范德华作用体系，pi-pi作用体系。 2. 也适用于一维到三维周期性体系，如分子晶体，表面吸附等。 3. 适用于几十种元素，包括常见过渡金属。 4. 适用的泛函有： PBE，，BLYP，B-P86，TPSS，B3LYP和B97-D 使用方法： 1. 先用DFT计算得到体系能量E_DFT和作用在各个原子上的力F_DFT。（基组要足够大，较小基组需要进行BSSE校正） 2. 根据你所选用的泛函，修改源文件中的FUNCTIONAL数值（默认是0，PBE泛函）。然后重新编译： gcc -o edisp -lm edisp.c 3. 用我的这个程序处理你的gjf文件，程序计算得到色散能校正项E_disp和作用在各个原子上的力F_disp。 使用命令是：./edisp 输入文件名 4. 校正后的能量E_corr = E_DFT + E_disp 校正后的力F_corr = F_DFT + F_disp 周期性体系的说明： 1. 在gjf文件中用Tv来定义晶格矢量。Tv可以有1-3个，分别代表一维到三维周期性体系。 2. 根据需要的计算精度修改源文件中的CONV_VAL值（默认是1e-4）。然后重新编译。 欢迎大家给出反馈和报告bug。 下载说明： 考虑到论坛最近无法下载附件，所以我将附件当成图片传上来了。因此，大家看到附件中的edisp .jpg图片（大家会看到一个无法显示图片的框框），把鼠标放在这个框框上，用右键保存这个edisp.jpg图片到你的电脑上，然后将整个文件名修改成edisp.c即可。用文本编辑器打开就能看到源代码了。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:42 ] |
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18楼2010-09-01 23:09:46
19楼2010-09-02 14:32:38
20楼2010-12-05 22:14:43
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请问这个程序可以处理有多个基团的分子吗？我计算了一下，得到的结果看不懂，麻烦有时间的话您帮看看： EDisp v0.2 -- Written by yangwang2008@gmail.com, Dec. 2009. Input file name: a.gjf 58 Atoms read in. Atoms and coordinates: C 6 0.000000 0.000000 0.000000 C 6 1.501218 0.000000 0.000000 C 6 1.497155 1.505134 0.000000 C 6 -0.003544 1.497029 -0.038657 Al 13 0.742697 0.770526 2.007655 Al 13 0.794719 0.730633 -2.026526 Si 14 2.773851 -1.413108 -0.092782 Si 14 2.759459 2.924968 0.125206 Si 14 -1.370208 2.808245 -0.210974 Si 14 -1.363418 -1.318700 0.137228 C 6 4.476882 -0.824594 -0.675623 C 6 2.205268 -2.684374 -1.384534 C 6 3.004344 -2.267557 1.583723 C 6 4.450422 2.345289 0.750484 C 6 3.027603 3.781224 -1.544768 C 6 2.151838 4.192659 1.402623 C 6 -0.732324 4.359378 -1.096220 C 6 -2.082008 3.310765 1.472622 C 6 -2.768327 2.162518 -1.321583 C 6 -2.027602 -1.826576 -1.564130 C 6 -2.794201 -0.679973 1.209607 C 6 -0.740545 -2.865421 1.040707 H 1 4.421200 -0.149659 -1.537157 H 1 5.052304 -1.705312 -0.988779 H 1 5.045873 -0.328349 0.114534 H 1 1.163213 -2.998178 -1.276218 H 1 2.829010 -3.585069 -1.315526 H 1 2.321968 -2.280878 -2.397402 H 1 3.378688 -1.566281 2.338848 H 1 3.734747 -3.082464 1.497420 H 1 2.072375 -2.697100 1.965364 H 1 3.751308 4.599923 -1.439910 H 1 3.424558 3.082157 -2.290336 H 1 2.103325 4.206008 -1.949727 H 1 5.013105 3.228902 1.078288 H 1 4.376754 1.669647 1.610107 H 1 5.041683 1.852480 -0.025347 H 1 2.771725 5.097053 1.348984 H 1 1.110889 4.500287 1.268889 H 1 2.246105 3.789633 2.418015 H 1 -1.564634 5.066960 -1.203469 H 1 0.071254 4.881197 -0.570173 H 1 -0.376620 4.120620 -2.105192 H 1 -2.881788 4.051783 1.346856 H 1 -2.503836 2.452994 2.008306 H 1 -1.315935 3.755665 2.118500 H 1 -3.572389 2.909041 -1.355594 H 1 -2.412780 2.018368 -2.348809 H 1 -3.213022 1.220388 -0.990614 H 1 0.079545 -3.383242 0.536648 H 1 -1.571421 -3.577567 1.126755 H 1 -0.412932 -2.623675 2.058447 H 1 -2.440280 -0.971646 -2.111372 H 1 -2.826020 -2.572238 -1.458814 H 1 -1.242226 -2.267319 -2.189339 H 1 -2.466769 -0.531911 2.245582 H 1 -3.594143 -1.431547 1.223779 H 1 -3.236000 0.258746 0.865341 Translation vectors: None. This is a non-periodic system. Functional: PBE s6 = 0.750000; d = 20.000000 Start iterative calculations: Shell 0: E= -51.075246 DE= -51.075246 Converged: E(vdw 2) = -51.07524551326122 kcal/mol Forces (in eV/Angstrom): No. Atom x y z 1 C -0.03658223280730 -0.03434387801110 0.00107336281788 2 C 0.03265590482430 -0.03232203884460 -0.00072451896420 3 C 0.03244897235154 0.03249338418146 0.00156088267363 4 C -0.03672936332246 0.03413667214884 -0.00201645446082 5 Al -0.01050256319524 0.00266146332702 -0.06661452042417 6 Al -0.01221023736923 -0.00274064076098 0.06631399148416 7 Si -0.07428860900454 0.06655710071859 0.02928352472020 8 Si -0.07318029425910 -0.06693292961980 -0.03115101124181 9 Si 0.07584908520533 -0.07330955318646 0.03973737768639 10 Si 0.07648442869457 0.07368113028865 -0.03780499963886 11 C -0.04386621944947 0.03290910931365 0.02202983735290 12 C -0.02770704616395 0.04230169950518 0.03868856705147 13 C -0.03421906893204 0.03117708878213 -0.03802970491957 14 C -0.04311372461543 -0.03314172462064 -0.02311890993562 15 C -0.03501562474112 -0.03136892047034 0.03714191323996 16 C -0.02646350412839 -0.04242041536078 -0.03940461533496 17 C 0.03746823713740 -0.04694874190508 0.02922933158236 18 C 0.03349335694108 -0.03290097776213 -0.03758398381311 19 C 0.04422249190444 -0.03105130081940 0.03680076568321 20 C 0.03235133326232 0.03306867212604 0.03842582088321 21 C 0.04501470734817 0.03132933420004 -0.03560236894539 22 C 0.03794000171372 0.04713028447548 -0.02831916944618 23 H -0.01694973070791 0.04144010202765 -0.02134537540633 24 H 0.00464328116457 -0.03614127209562 -0.00828467072411 25 H 0.00567032038441 0.05002982254290 0.04211602254776 26 H -0.07073681097106 0.00860088129521 0.02644943963949 27 H 0.02511876671171 -0.02353375399793 0.01361880614524 28 H 0.00133215598024 0.03315398074989 -0.02761441404177 29 H 0.00699829421587 0.03850500134043 0.01866600187945 30 H 0.02484733364746 -0.02486450062327 -0.01517311530928 31 H -0.07046494362818 -0.00924394120918 -0.00183148503051 32 H 0.02432609889284 0.02498761539823 0.01580047322204 33 H 0.00766414324403 -0.03846873600204 -0.01848584584749 34 H -0.07057199823760 0.00887177513179 0.00004190965314 35 H 0.00424355101387 0.03615802875469 0.00841122244816 36 H -0.01724985024015 -0.04156025590027 0.02089292586396 37 H 0.00699208652862 -0.04996884509877 -0.04196067972996 38 H 0.02529916809073 0.02369414414392 -0.01300344729116 39 H -0.06993293376912 -0.00897261132355 -0.02819470584185 40 H 0.00087682674441 -0.03313459149533 0.02762847572928 41 H -0.03386632655003 0.01209843352417 0.00300345654242 42 H 0.06391650935735 -0.00243798344621 0.03489429416886 43 H 0.02969571785517 -0.02727406391017 -0.02954974091678 44 H -0.02541229462949 0.02413956171833 -0.01644450040176 45 H -0.00917722916151 -0.05632900863865 0.00741601739466 46 H 0.04751480185358 0.01064091449827 0.01366647461736 47 H -0.01787719260636 0.03069154448239 0.00804176542049 48 H 0.03226232495835 -0.01055287078287 -0.02899169529599 49 H 0.00486937517033 -0.06518862480012 0.02518204484826 50 H 0.06482259664247 0.00276859139484 -0.03323568159745 51 H -0.03371150790122 -0.01229168929124 -0.00388075485714 52 H 0.02869487979636 0.02747634421768 0.03027916437147 53 H -0.00929562447500 0.05619501902686 -0.00770038025885 54 H -0.02568863735401 -0.02428239512224 0.01579379489394 55 H 0.04797967118578 -0.01039035136947 -0.01239894925912 56 H 0.03141918735467 0.01085974383730 0.02982027541037 57 H -0.01744837322462 -0.03082412959513 -0.00844954620459 58 H 0.00514633126884 0.06518330291175 -0.02509269483291 |
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chuchu681615楼
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