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zybysh

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】大质粒测序DIY

1个60kb的野生质粒,公司测序的报价是2万RMB,本人打算DIY,也算尝试学习下。首先自己构建文库,然后委托公司测序,最后自行拼接,这个过程中有两个问题请有经验的虫友指教:
1. 质粒是60kb,每个测序反应就算测0.8kb,我要测多少个反应才能满足拼接需要,也就是说最少需要多少倍的覆盖率?(有关银子的问题)
2. 请虫友推荐下那些软件可以用来拼接,对计算机的要求。
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zybysh

木虫 (小有名气)

第一座山——序列拼接

通过建库和测序已经获得500个测序结果,请问大侠怎么拼接?
5楼2010-01-08 15:41:42
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jasco

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+2,VIP+0):谢谢 12-25 19:21
至少需要6倍覆盖率测序,60kb的质粒就要测360kb,每个反应测800bp有效数据太理想,600比较保险,所以至少600个测序反应,加上补gap的费用的话,公司报价已经比较合理了。

软件方面推荐Sequencher

[ Last edited by jasco on 2009-12-25 at 17:30 ]
2楼2009-12-25 17:26:17
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0):同意 12-25 19:21
楼上说的对,自己测还没公司便宜。
3楼2009-12-25 18:41:32
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zybysh

木虫 (小有名气)

我将用实践来证明

谢谢楼上的朋友提供建议,也欢迎大家来讨论,我将用实践来证明,“真人秀”一把,随时向大家汇报进展,本人保证提供数据的可靠性。
这种讨论方式也挺有意思。
4楼2009-12-25 19:35:51
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