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zybysh

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助/交流】大质粒测序DIY

1个60kb的野生质粒，公司测序的报价是2万RMB，本人打算DIY，也算尝试学习下。首先自己构建文库，然后委托公司测序，最后自行拼接，这个过程中有两个问题请有经验的虫友指教：
1. 质粒是60kb，每个测序反应就算测0.8kb，我要测多少个反应才能满足拼接需要，也就是说最少需要多少倍的覆盖率？（有关银子的问题）
2. 请虫友推荐下那些软件可以用来拼接，对计算机的要求。

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1楼 2009-12-25 11:11:11

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jasco

木虫 (正式写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+2,VIP+0):谢谢 12-25 19:21

至少需要6倍覆盖率测序，60kb的质粒就要测360kb，每个反应测800bp有效数据太理想，600比较保险，所以至少600个测序反应，加上补gap的费用的话，公司报价已经比较合理了。

软件方面推荐Sequencher

[ Last edited by jasco on 2009-12-25 at 17:30 ]