24小时热门版块排行榜    

查看: 452  |  回复: 4
当前主题已经存档。

zybysh

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】大质粒测序DIY

1个60kb的野生质粒,公司测序的报价是2万RMB,本人打算DIY,也算尝试学习下。首先自己构建文库,然后委托公司测序,最后自行拼接,这个过程中有两个问题请有经验的虫友指教:
1. 质粒是60kb,每个测序反应就算测0.8kb,我要测多少个反应才能满足拼接需要,也就是说最少需要多少倍的覆盖率?(有关银子的问题)
2. 请虫友推荐下那些软件可以用来拼接,对计算机的要求。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasco

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+2,VIP+0):谢谢 12-25 19:21
至少需要6倍覆盖率测序,60kb的质粒就要测360kb,每个反应测800bp有效数据太理想,600比较保险,所以至少600个测序反应,加上补gap的费用的话,公司报价已经比较合理了。

软件方面推荐Sequencher

[ Last edited by jasco on 2009-12-25 at 17:30 ]
2楼2009-12-25 17:26:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0):同意 12-25 19:21
楼上说的对,自己测还没公司便宜。
3楼2009-12-25 18:41:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zybysh

木虫 (小有名气)

我将用实践来证明

谢谢楼上的朋友提供建议,也欢迎大家来讨论,我将用实践来证明,“真人秀”一把,随时向大家汇报进展,本人保证提供数据的可靠性。
这种讨论方式也挺有意思。
4楼2009-12-25 19:35:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zybysh

木虫 (小有名气)

第一座山——序列拼接

通过建库和测序已经获得500个测序结果,请问大侠怎么拼接?
5楼2010-01-08 15:41:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zybysh 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿东华大学化学070300,求调剂 +7 2117205181 2026-03-21 8/400 2026-03-22 22:55 by chixmc
[考研] 石河子大学(211、双一流)硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 一志愿上海交大生物与医药专硕324分,求调剂 +3 jiajunX 2026-03-22 3/150 2026-03-22 19:32 by brblmd
[考研] 287求调剂 +8 晨昏线与星海 2026-03-19 9/450 2026-03-22 17:01 by i_cooler
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 324求调剂 +6 lucky呀呀呀鸭 2026-03-20 6/300 2026-03-22 16:01 by ColorlessPI
[考研] 生物学一志愿985,分数349求调剂 +4 zxts12 2026-03-21 7/350 2026-03-22 09:57 by zxts12
[考研] 一志愿南大,0703化学,分数336,求调剂 +3 收到VS 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:42 by 学员8dgXkO
[考研] 313求调剂 +4 肆叁贰壹22 2026-03-19 4/200 2026-03-21 17:33 by ColorlessPI
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国石油大学(华东) 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕,总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
信息提示
请填处理意见