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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】大质粒测序DIY
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zybysh

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】大质粒测序DIY

1个60kb的野生质粒，公司测序的报价是2万RMB，本人打算DIY，也算尝试学习下。首先自己构建文库，然后委托公司测序，最后自行拼接，这个过程中有两个问题请有经验的虫友指教：
1. 质粒是60kb，每个测序反应就算测0.8kb，我要测多少个反应才能满足拼接需要，也就是说最少需要多少倍的覆盖率？（有关银子的问题）
2. 请虫友推荐下那些软件可以用来拼接，对计算机的要求。
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1楼 2009-12-25 11:11:11
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jasco

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+2,VIP+0):谢谢 12-25 19:21
至少需要6倍覆盖率测序，60kb的质粒就要测360kb，每个反应测800bp有效数据太理想，600比较保险，所以至少600个测序反应，加上补gap的费用的话，公司报价已经比较合理了。

软件方面推荐Sequencher

[ Last edited by jasco on 2009-12-25 at 17:30 ]
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2楼2009-12-25 17:26:17
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0):同意 12-25 19:21
楼上说的对，自己测还没公司便宜。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-12-25 18:41:32
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zybysh

木虫 (小有名气)

我将用实践来证明

谢谢楼上的朋友提供建议，也欢迎大家来讨论，我将用实践来证明，“真人秀”一把，随时向大家汇报进展，本人保证提供数据的可靠性。
这种讨论方式也挺有意思。
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4楼2009-12-25 19:35:51
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zybysh

木虫 (小有名气)

第一座山——序列拼接

通过建库和测序已经获得500个测序结果，请问大侠怎么拼接？
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5楼2010-01-08 15:41:42
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