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易风朔儿

金虫 (知名作家)

[交流] 【求助】如何得到配体分子的pdb文件!急!!!

我对接时的配体分子含有三个氨基酸和一个对硝基苯胺,有什么数据库可以得到它的PDB文件呢?若不能,又该怎么办呢?有没有高人详细地解说一下呵!
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:02
你的分子式自己的,就要自己优化了;要是是已经有的化合物,就可以去找一找有没已经优化好的结构。
5楼2009-12-23 14:06:01
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fmj121

铜虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
可以用chemoffice
2楼2009-12-22 17:17:01
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linzeran

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
用chemoffice
chem3D   另存为 选择存为pdb文件
3楼2009-12-22 17:27:58
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易风朔儿

金虫 (知名作家)

chemoffice/3D不行吧!由它得到的pdb文件是没有处理的,后面还有能量优化啊什么的,应该比较麻烦!老师也说由它得到的pdb文件不能直接用于对接!还有什么方法吗?
4楼2009-12-22 19:31:52
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