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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何得到配体分子的pdb文件！急！！！
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易风朔儿

金虫 (知名作家)

[交流] 【求助】如何得到配体分子的pdb文件！急！！！

我对接时的配体分子含有三个氨基酸和一个对硝基苯胺，有什么数据库可以得到它的PDB文件呢？若不能，又该怎么办呢？有没有高人详细地解说一下呵！
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1楼 2009-12-22 16:41:00
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fmj121

铜虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
可以用chemoffice
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2楼2009-12-22 17:17:01
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linzeran

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
用chemoffice
chem3D   另存为 选择存为pdb文件
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3楼2009-12-22 17:27:58
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易风朔儿

金虫 (知名作家)
chemoffice/3D不行吧！由它得到的pdb文件是没有处理的，后面还有能量优化啊什么的，应该比较麻烦！老师也说由它得到的pdb文件不能直接用于对接！还有什么方法吗？
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4楼2009-12-22 19:31:52
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:02
你的分子式自己的，就要自己优化了；要是是已经有的化合物，就可以去找一找有没已经优化好的结构。
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5楼2009-12-23 14:06:01
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易风朔儿

金虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-12-23 14:06:
你的分子式自己的，就要自己优化了；要是是已经有的化合物，就可以去找一找有没已经优化好的结构。

分子已经被别人用了很多次，但他们好像都是自己合成的！能不能详细说下怎么找优化的结构，或自己优化的大概步骤或要用到的软件！我刚开始学，原谅我问个这么弱的问题！
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6楼2009-12-23 17:30:32
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 19:36
我忘记什么网上可以下载结构了，你google找找看。
如果不是自己有专利的分子，而是使用率比较高的公共分子，应该有结构吧。
优化的话我也不知道什么方法正规，我都是用DS随便优化的。
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7楼2009-12-23 19:17:12
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-25 10:38
在DS或SYBYL中读取出来，都有相应转化的格式，优化1000步，就用默认即可。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-12-23 21:35:14
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