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易风朔儿

金虫 (知名作家)

[交流] 【求助】如何得到配体分子的pdb文件!急!!!

我对接时的配体分子含有三个氨基酸和一个对硝基苯胺,有什么数据库可以得到它的PDB文件呢?若不能,又该怎么办呢?有没有高人详细地解说一下呵!
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fmj121

铜虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
可以用chemoffice
2楼2009-12-22 17:17:01
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linzeran

木虫 (正式写手)

★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
用chemoffice
chem3D   另存为 选择存为pdb文件
3楼2009-12-22 17:27:58
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易风朔儿

金虫 (知名作家)

chemoffice/3D不行吧!由它得到的pdb文件是没有处理的,后面还有能量优化啊什么的,应该比较麻烦!老师也说由它得到的pdb文件不能直接用于对接!还有什么方法吗?
4楼2009-12-22 19:31:52
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:02
你的分子式自己的,就要自己优化了;要是是已经有的化合物,就可以去找一找有没已经优化好的结构。
5楼2009-12-23 14:06:01
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易风朔儿

金虫 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-12-23 14:06:
你的分子式自己的,就要自己优化了;要是是已经有的化合物,就可以去找一找有没已经优化好的结构。

分子已经被别人用了很多次,但他们好像都是自己合成的!能不能详细说下怎么找优化的结构,或自己优化的大概步骤或要用到的软件!我刚开始学,原谅我问个这么弱的问题!
6楼2009-12-23 17:30:32
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 19:36
我忘记什么网上可以下载结构了,你google找找看。
如果不是自己有专利的分子,而是使用率比较高的公共分子,应该有结构吧。
优化的话我也不知道什么方法正规,我都是用DS随便优化的。
7楼2009-12-23 19:17:12
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-25 10:38
在DS或SYBYL中读取出来,都有相应转化的格式,优化1000步,就用默认即可。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2009-12-23 21:35:14
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