24小时热门版块排行榜    

查看: 1243  |  回复: 7
当前主题已经存档。

易风朔儿

金虫 (知名作家)

[交流] 【求助】如何得到配体分子的pdb文件!急!!!

我对接时的配体分子含有三个氨基酸和一个对硝基苯胺,有什么数据库可以得到它的PDB文件呢?若不能,又该怎么办呢?有没有高人详细地解说一下呵!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmj121

铜虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
可以用chemoffice
2楼2009-12-22 17:17:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linzeran

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
用chemoffice
chem3D   另存为 选择存为pdb文件
3楼2009-12-22 17:27:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

易风朔儿

金虫 (知名作家)

chemoffice/3D不行吧!由它得到的pdb文件是没有处理的,后面还有能量优化啊什么的,应该比较麻烦!老师也说由它得到的pdb文件不能直接用于对接!还有什么方法吗?
4楼2009-12-22 19:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-23 18:02
你的分子式自己的,就要自己优化了;要是是已经有的化合物,就可以去找一找有没已经优化好的结构。
5楼2009-12-23 14:06:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

易风朔儿

金虫 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-12-23 14:06:
你的分子式自己的,就要自己优化了;要是是已经有的化合物,就可以去找一找有没已经优化好的结构。

分子已经被别人用了很多次,但他们好像都是自己合成的!能不能详细说下怎么找优化的结构,或自己优化的大概步骤或要用到的软件!我刚开始学,原谅我问个这么弱的问题!
6楼2009-12-23 17:30:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 19:36
我忘记什么网上可以下载结构了,你google找找看。
如果不是自己有专利的分子,而是使用率比较高的公共分子,应该有结构吧。
优化的话我也不知道什么方法正规,我都是用DS随便优化的。
7楼2009-12-23 19:17:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-25 10:38
在DS或SYBYL中读取出来,都有相应转化的格式,优化1000步,就用默认即可。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2009-12-23 21:35:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 易风朔儿 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿985,本科211,0817化学工程与技术319求调剂 +5 Liwangman 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:10 by 我的船我的海
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +3 张vvvv 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:36 by houyaoxu
[考研] 312求调剂 +3 陌宸希 2026-03-16 4/200 2026-03-16 15:06 by peike
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 331求调剂(0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 306求调剂 +4 唐薏薏 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:19 by JourneyLucky
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 312求调剂 +6 陌宸希 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:40 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中农业大学071010,总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:35 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 285 求调剂 资源与环境 一志愿北京化工大学 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:04 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +5 邱gl 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:37 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 277求调剂 +4 anchor17 2026-03-12 4/200 2026-03-13 11:15 by 白夜悠长
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
信息提示
请填处理意见