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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】在分子对节前能用chemoffice优化小分子吗？
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ymdlove

[交流] 【求助】在分子对节前能用chemoffice优化小分子吗？

在分子对节前能用chemoffice优化小分子吗？如果可以的话应该怎样优化最好？因为现在在做分子对接的毕业设计····大学没学过··所以不太明白··希望哪位好心人能耐心指导下···
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1楼 2009-12-22 15:13:24
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
打开calculation--用MMFF94优化
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2楼2009-12-22 16:09:39
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ymdlove

引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-22 16:09:
打开calculation--用MMFF94优化

谢谢您的指导
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3楼2009-12-22 19:01:43
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
chemoffice里的高斯或mopac方法都可以优化,优化主要是为了得到对接前较稳定较可靠的初始构象,所以一般都采用energy minimized的构象做初始构象.
LZ还是多看看分子对接的相关原理吧.
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4楼2009-12-23 14:09:46
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ymdlove

引用回帖:
Originally posted by winterose_ at 2009-12-23 14:09:
chemoffice里的高斯或mopac方法都可以优化,优化主要是为了得到对接前较稳定较可靠的初始构象,所以一般都采用energy minimized的构象做初始构象.
LZ还是多看看分子对接的相关原理吧.

谢谢你的建议···
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5楼2009-12-23 16:07:45
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mike0601

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-21 12:44
不同的优化方法对对接结果会有一定的影响
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6楼2010-03-21 12:15:04
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-22 08:47
我还是喜欢用SYBYL来做，很快，不难，也可用SPL语言来做，看手册即可。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
7楼2010-03-22 00:40:54
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guqin3496

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-01 10:03
我觉得做对接之前首先小分子的结构是关键，一个不准的结构得到的结构往往是不可以相信的。

chemoffce中有很多接口
其中gaussian是一个比较强大的优化工具，
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http://www.chaoyue2008.cn/?fromuid=5
8楼2010-03-31 22:02:36
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