24小时热门版块排行榜    

查看: 730  |  回复: 7
当前主题已经存档。

ymdlove

[交流] 【求助】在分子对节前能用chemoffice优化小分子吗?

在分子对节前能用chemoffice优化小分子吗?如果可以的话应该怎样优化最好?因为现在在做分子对接的毕业设计····大学没学过··所以不太明白··希望哪位好心人能耐心指导下···
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
打开calculation--用MMFF94优化
2楼2009-12-22 16:09:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ymdlove

引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-22 16:09:
打开calculation--用MMFF94优化

谢谢您的指导
3楼2009-12-22 19:01:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 18:01
chemoffice里的高斯或mopac方法都可以优化,优化主要是为了得到对接前较稳定较可靠的初始构象,所以一般都采用energy minimized的构象做初始构象.
LZ还是多看看分子对接的相关原理吧.
4楼2009-12-23 14:09:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ymdlove

引用回帖:
Originally posted by winterose_ at 2009-12-23 14:09:
chemoffice里的高斯或mopac方法都可以优化,优化主要是为了得到对接前较稳定较可靠的初始构象,所以一般都采用energy minimized的构象做初始构象.
LZ还是多看看分子对接的相关原理吧.

谢谢你的建议···
5楼2009-12-23 16:07:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mike0601

木虫 (正式写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-21 12:44
不同的优化方法对对接结果会有一定的影响
6楼2010-03-21 12:15:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-22 08:47
我还是喜欢用SYBYL来做,很快,不难,也可用SPL语言来做,看手册即可。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
7楼2010-03-22 00:40:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guqin3496

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-01 10:03
我觉得做对接之前首先小分子的结构是关键,一个不准的结构得到的结构往往是不可以相信的。

chemoffce中有很多接口
其中gaussian是一个比较强大的优化工具,
http://www.chaoyue2008.cn/?fromuid=5
8楼2010-03-31 22:02:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ymdlove 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见