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arthurii木虫 (正式写手)
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【求助】大家用Autodock对接之前一般小分子使用什么优化方法？
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一般用Autodock之前大家是怎么处理小分子的？特别是先从2D结构画成3D，然后再优化的时候。 我这是用高斯，还有DS里面的几个优化方法，高斯觉得时间太长，DS的那几个优化模块又觉得过于简单。 请教还有些什么比较好的优化方法？ 小分子，假如先放在简单的溶剂体系下，跑一下短动力学，求一下平均结构，是不是比非溶剂条件下的最低能量构象更具有说服力？ [ Last edited by arthurii on 2009-12-22 at 11:30 ] |
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