应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】大家用Autodock对接之前一般小分子使用什么优化方法？
51/1返回列表
查看: 763  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

arthurii

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】大家用Autodock对接之前一般小分子使用什么优化方法？

一般用Autodock之前大家是怎么处理小分子的？特别是先从2D结构画成3D，然后再优化的时候。
我这是用高斯，还有DS里面的几个优化方法，高斯觉得时间太长，DS的那几个优化模块又觉得过于简单。
请教还有些什么比较好的优化方法？
小分子，假如先放在简单的溶剂体系下，跑一下短动力学，求一下平均结构，是不是比非溶剂条件下的最低能量构象更具有说服力？

[ Last edited by arthurii on 2009-12-22 at 11:30 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-12-22 11:25:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-23 17:53
有一个问题，我想问问你：
你为什么要花大气力去优化小分子，而不去优化蛋白？
这个小分子是你自己设计的，想出来的？

DS的几个模块优化小分子那已经是足够了，它们都是发文章证明这种优化是合理的。

你说DS那几个模块，优化太简单，有什么根据呢？

[ Last edited by javacfish on 2009-12-22 at 13:03 ]
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-12-22 12:56:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-22 12:56:
有一个问题，我想问问你：
你为什么要花大气力去优化小分子，而不去优化蛋白？
这个小分子是你自己设计的，想出来的？

DS的几个模块优化小分子那已经是足够了，它们都是发文章证明这种优化是合理的。

你说 ...

小分子是实验室合成的，没有现成的3D结构，是从2D结构转成3D的。所以觉得那个结构不是太靠谱。
用DS那几个模块优化出来的结果差别比较大，所以总觉得是不是有点简单。
当然，我也知道DS里面的模块理论上都是测试过很多次的。

谢谢版主指教！
是没必要太在意这个小分子结构吗？因为我对接的对象是核酸，自己觉得没有像蛋白的结合位点那么明确吧，小分子构象相对影响程度比蛋白对接大。
赞一下 回复此楼
3楼2009-12-22 15:36:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 17:53
这有个帖子：http://www.mdbbs.org/thread-21386-1-1.html
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-12-22 16:03:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-22 16:03:
这有个帖子：http://www.mdbbs.org/thread-21386-1-1.html

这个看到了，还回帖了，现在的那最后一贴。
就是想了解一下，一般用哪一个软件做优化处理得出来的结果会比较好
谢谢这么快就给予帮助！

我自己是几个分子的话就用PP中的CHARMM优化，有时候比较随意就用PP里面的minimize molecular优化。一直都是自学为主，就不知道比较广泛使用的是哪种优化方法？
赞一下 回复此楼
5楼2009-12-22 16:17:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 arthurii 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +15 低垂的野花 2026-07-31 20/1000 2026-08-01 14:10 by gltch
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 18/900 2026-08-01 13:56 by gltch
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 7/350 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 小木虫看见有人已经知道结果了 +16 1234567wang 2026-07-25 20/1000 2026-08-01 08:57 by type2type
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 8/400 2026-07-31 18:13 by beefly
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么？ 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭