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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】大家用Autodock对接之前一般小分子使用什么优化方法？
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arthurii

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】大家用Autodock对接之前一般小分子使用什么优化方法？

一般用Autodock之前大家是怎么处理小分子的？特别是先从2D结构画成3D，然后再优化的时候。
我这是用高斯，还有DS里面的几个优化方法，高斯觉得时间太长，DS的那几个优化模块又觉得过于简单。
请教还有些什么比较好的优化方法？
小分子，假如先放在简单的溶剂体系下，跑一下短动力学，求一下平均结构，是不是比非溶剂条件下的最低能量构象更具有说服力？

[ Last edited by arthurii on 2009-12-22 at 11:30 ]
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1楼 2009-12-22 11:25:21
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-23 17:53
有一个问题，我想问问你：
你为什么要花大气力去优化小分子，而不去优化蛋白？
这个小分子是你自己设计的，想出来的？

DS的几个模块优化小分子那已经是足够了，它们都是发文章证明这种优化是合理的。

你说DS那几个模块，优化太简单，有什么根据呢？

[ Last edited by javacfish on 2009-12-22 at 13:03 ]
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2楼2009-12-22 12:56:39
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-22 12:56:
有一个问题，我想问问你：
你为什么要花大气力去优化小分子，而不去优化蛋白？
这个小分子是你自己设计的，想出来的？

DS的几个模块优化小分子那已经是足够了，它们都是发文章证明这种优化是合理的。

你说 ...

小分子是实验室合成的，没有现成的3D结构，是从2D结构转成3D的。所以觉得那个结构不是太靠谱。
用DS那几个模块优化出来的结果差别比较大，所以总觉得是不是有点简单。
当然，我也知道DS里面的模块理论上都是测试过很多次的。

谢谢版主指教！
是没必要太在意这个小分子结构吗？因为我对接的对象是核酸，自己觉得没有像蛋白的结合位点那么明确吧，小分子构象相对影响程度比蛋白对接大。
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3楼2009-12-22 15:36:16
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javacfish

金虫 (小有名气)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-23 17:53
这有个帖子：http://www.mdbbs.org/thread-21386-1-1.html
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4楼2009-12-22 16:03:04
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-22 16:03:
这有个帖子：http://www.mdbbs.org/thread-21386-1-1.html

这个看到了，还回帖了，现在的那最后一贴。
就是想了解一下，一般用哪一个软件做优化处理得出来的结果会比较好
谢谢这么快就给予帮助！

我自己是几个分子的话就用PP中的CHARMM优化，有时候比较随意就用PP里面的minimize molecular优化。一直都是自学为主，就不知道比较广泛使用的是哪种优化方法？
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5楼2009-12-22 16:17:53
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