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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】经典粒子体系的Monte Carlo 模拟之基础篇
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coy123

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by hunanxiang at 2010-1-1 13:54:
最重要的是设定收敛条件，根据规模的大小选择算法。现在模拟的规模越来越大，精度越来越高，需要并行设计如mpi，openmpi。
另外，针对化学反应体系，reaction-diffusion model越来越多，这样的书籍也越来越多，如 ...

楼主能否提高一些做化学反应体系源码或源码链接?多谢!
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21楼2010-01-03 12:21:05
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tpp001

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我看的不少文献中有这样的模拟方法,用widom insertion techinique 来进行mc模拟计算溶解度,不知道楼主能不能给介绍啊，因为我下一步可能就用这个来计算溶解度!谢谢!!!另祝楼主新年快乐
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
22楼2010-01-04 20:32:16
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 1-5 17:01
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2010-1-4 20:32:
我看的不少文献中有这样的模拟方法,用widom insertion techinique 来进行mc模拟计算溶解度,不知道楼主能不能给介绍啊，因为我下一步可能就用这个来计算溶解度!谢谢!!!另祝楼主新年快乐

Happy new year!

Widom insertion方法是用来计算超额化学势的，在Frenkel & Smit 所著一书中有讨论，该方法适用于稀溶液到中等浓度的混合体系，在高浓度或密度的体系中由于插入粒子的成功率很低，因此不适用。至于计算溶解度，我就不清楚了。
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23楼2010-01-05 16:15:26
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coy123

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-1-5 16:15:


Happy new year!

Widom insertion方法是用来计算超额化学势的，在Frenkel & Smit 所著一书中有讨论，该方法适用于稀溶液到中等浓度的混合体系，在高浓度或密度的体系中由于插入粒子的成功率很低，因此 ...

等待楼主继续开课
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24楼2010-01-10 09:09:37
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pfzhangphy

金虫 (小有名气)
★ ★
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lei0736(金币+1):欢迎参与讨论 2010-01-30 17:02
楼主好！现在我要采用巨正则系综计算高分子溶液的性质，首先要确定体系的化学势，体积和温度，请问一下对于高分子良溶液，化学势应该如何选择，有没有一定的标准呢？另外，在NVT系综中，我们可以采用Rosenbluth-Rosenbluth抽样来计算体系的（剩余）化学势，请问该剩余化学势和巨正则系综中的化学势如何对应起来呢？谢谢！
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25楼2010-01-15 18:32:51
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 1-22 17:46
有很多用$\mu VT$ x系综研究经典二元体系相图的文章，其中就有高分子溶液的，你可以参考一下。至于化学势与溶剂品质的关系我不清楚，不过如果用$NVT$系综的话，你选择的相互作用模型以及体系的温度都会影响溶剂的品质。

你所说的两个化学势理论上是一样的，在模拟中如果你的体系比较大，那么不同系综(当然，温度以及相互作用一样， $N_{NVT} = _{\mu VT}$)计算出来的结果应该是一致的。

另外，高分子溶液理论已经是非常成熟的理论，分子模拟在这方面可以开展新工作的空间已经很有限了
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26楼2010-01-22 17:15:06
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pfzhangphy

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好的，谢谢楼主指点！
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-01-22 17:15:06:
有很多用$\mu VT$ x系综研究经典二元体系相图的文章，其中就有高分子溶液的，你可以参考一下。至于化学势与溶剂品质的关系我不清楚，不过如果用$NVT$系综的话，你选择的相互作用模型以及体系的温度都会影响溶剂的 ...

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27楼2010-01-29 13:20:04
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379631818

铁杆木虫 (著名写手)
刚开始学习MC，谢谢
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28楼2010-03-16 16:44:05
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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

请教一下

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主：我们老师给出了个题：比较分子模拟软件中Solids-Docking模块和Soption模块在处理小分子吸附计算方面的异同。
我是刚刚开始接触分子模拟，好多东西都不懂，不知道该从哪里着手。
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29楼2010-03-29 10:22:43
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cxz314

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问搂住，如果用传统的MC模拟计算液态金属的扩散系数（利用均方位移）时要除以6t，请问这里的时间题怎么处理？直接就是MC中的步数吗？在MD中t等于步数乘以步长。
非常感谢！
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30楼2010-03-31 10:16:46
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