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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】PDB文件中蛋白分子表面的水是以什么形式存在的？
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xppcomeon

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[交流] 【求助】PDB文件中蛋白分子表面的水是以什么形式存在的？

PDB文件中蛋白分子表面的水是以什么形式存在的（吸附水、结晶水、结构水还是过度类型的水）？为什么做docking时需要把PDB蛋白表面的水去掉？而做分子模拟时要保留？
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1楼 2009-12-18 15:23:18
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javacfish

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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-21 10:10
对接之所以要去掉水，是因为它没有考虑溶剂化化效应，如果不去掉水的话，会影响空间位阻

[ Last edited by javacfish on 2009-12-18 at 17:05 ]
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2楼2009-12-18 17:00:46
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xppcomeon

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引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-18 17:00:
对接之所以要去掉水，是因为它没有考虑溶剂化化效应，如果不去掉水的话，会影响空间位阻

[ Last edited by javacfish on 2009-12-18 at 17:05 ]

PDB文件中作为溶剂的水分子和蛋白质分子的结合方式是以结晶水的方式吗？
如果晶体结构中水与蛋白质的结合是结构水的形式的话，去除水会使晶体崩溃的，去掉结构水进行对接会不会产生较大的自由度，使得对接失真呢？
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3楼2009-12-18 19:25:07
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javacfish

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-21 10:10
不会，如果你考虑去溶剂化效应的话：http://autodock.scripps.edu/reso ... vation-free-energy/
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4楼2009-12-18 20:35:37
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