24小时热门版块排行榜    

查看: 433  |  回复: 3
当前主题已经存档。

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】PDB文件中蛋白分子表面的水是以什么形式存在的?

PDB文件中蛋白分子表面的水是以什么形式存在的(吸附水、结晶水、结构水还是过度类型的水)?为什么做docking时需要把PDB蛋白表面的水去掉?而做分子模拟时要保留?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-21 10:10
对接之所以要去掉水,是因为它没有考虑溶剂化化效应,如果不去掉水的话,会影响空间位阻

[ Last edited by javacfish on 2009-12-18 at 17:05 ]
2楼2009-12-18 17:00:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-18 17:00:
对接之所以要去掉水,是因为它没有考虑溶剂化化效应,如果不去掉水的话,会影响空间位阻

[ Last edited by javacfish on 2009-12-18 at 17:05 ]

PDB文件中作为溶剂的水分子和蛋白质分子的结合方式是以结晶水的方式吗?
如果晶体结构中水与蛋白质的结合是结构水的形式的话,去除水会使晶体崩溃的,去掉结构水进行对接会不会产生较大的自由度,使得对接失真呢?
3楼2009-12-18 19:25:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-21 10:10
不会,如果你考虑去溶剂化效应的话:http://autodock.scripps.edu/reso ... vation-free-energy/
4楼2009-12-18 20:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xppcomeon 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 354求调剂 +3 Tyoumou 2026-03-18 5/250 2026-03-18 16:41 by Tyoumou
[考研] 求材料调剂 +7 隔壁陈先生 2026-03-12 7/350 2026-03-18 16:14 by 枫桥ZL
[考研] 085600材料与化工 +5 安全上岸! 2026-03-16 5/250 2026-03-18 15:33 by cmz0325
[考研] 271材料工程求调剂 +3 .6lL 2026-03-18 3/150 2026-03-18 14:36 by laoshidan
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +7 rare12345 2026-03-18 7/350 2026-03-18 14:31 by laoshidan
[考博] 环境领域全国重点实验室招收博士1-2名 +3 QGZDSYS 2026-03-13 5/250 2026-03-18 11:13 by QGZDSYS
[考研] 一志愿中国海洋大学,生物学,301分,求调剂 +3 1孙悟空 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:28 by macy2011
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 化学调剂0703 +8 啊我我的 2026-03-11 8/400 2026-03-16 17:23 by 我的船我的海
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 土木第一志愿276求调剂,科研和技能十分丰富,求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考研] 321求调剂(食品/专硕) +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
信息提示
请填处理意见