应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】PDB文件中蛋白分子表面的水是以什么形式存在的？
41/1返回列表
查看: 451  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】PDB文件中蛋白分子表面的水是以什么形式存在的？

PDB文件中蛋白分子表面的水是以什么形式存在的（吸附水、结晶水、结构水还是过度类型的水）？为什么做docking时需要把PDB蛋白表面的水去掉？而做分子模拟时要保留？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-12-18 15:23:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-21 10:10
对接之所以要去掉水，是因为它没有考虑溶剂化化效应，如果不去掉水的话，会影响空间位阻

[ Last edited by javacfish on 2009-12-18 at 17:05 ]
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-12-18 17:00:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-18 17:00:
对接之所以要去掉水，是因为它没有考虑溶剂化化效应，如果不去掉水的话，会影响空间位阻

[ Last edited by javacfish on 2009-12-18 at 17:05 ]

PDB文件中作为溶剂的水分子和蛋白质分子的结合方式是以结晶水的方式吗？
如果晶体结构中水与蛋白质的结合是结构水的形式的话，去除水会使晶体崩溃的，去掉结构水进行对接会不会产生较大的自由度，使得对接失真呢？
赞一下 回复此楼
3楼2009-12-18 19:25:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-21 10:10
不会，如果你考虑去溶剂化效应的话：http://autodock.scripps.edu/reso ... vation-free-energy/
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-12-18 20:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xppcomeon 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭