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[交流]
200金币求解析一个单晶
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一个纯有机单晶，基本结构已经解出来，就是有几个A,B类错误搞不定，求助高手帮忙，急着写文章，金币不多，愿全部奉送，谢谢了先 Alert level A PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 9.61 Ratio PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 230.00 A**3 PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........ Alert level B DIFMX01_ALERT_2_B The maximum difference density is > 0.1*ZMAX*1.00 _refine_diff_density_max given = 0.968 Test value = 0.800 PLAT094_ALERT_2_B Ratio of Maximum / Minimum Residual Density .... 4.03 PLAT097_ALERT_2_B Large Reported Max. (Positive) Residual Density 0.97 eA-3 PLAT414_ALERT_2_B Short Intra D-H..H-X H4 .. H28C .. 1.89 Ang. PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O4 - H4 ... ? [ Last edited by qau204 on 2009-12-16 at 17:06 ] |
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2楼2009-12-16 16:31:19
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sanko211(金币+1,VIP+0):谢谢参与 12-16 17:24
sanko211(金币+1,VIP+0):谢谢参与 12-16 17:24
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yes |
3楼2009-12-16 17:00:44
4楼2009-12-16 17:06:09
5楼2009-12-16 18:09:49
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qau204(金币+10,VIP+0):谢谢你 12-16 20:30
qau204(金币+10,VIP+0):谢谢你 12-16 20:30
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PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........ 第一个是你的数据里没有H，但是你加H的方式报告时Mixed，你找到Mixed把它改成问号 ？ 就可以了 第二个是你的空间群没有给出来，这个你在check的时候最上面会有空间群提示，找到填到CIF文件里就可以了，其他的我就不会了 |
6楼2009-12-16 19:34:19
7楼2009-12-16 19:36:43
| 恭喜恭喜！ |
8楼2009-12-16 21:01:35
9楼2009-12-16 21:05:13
caty
至尊木虫 (著名写手)
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- 专业: 金属有机化学
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huangxc8687(金币+10,VIP+0):感谢您的参与，欢迎常来！ 12-17 09:13
qau204(金币+20,VIP+0):谢谢您 12-17 18:16
huangxc8687(金币+10,VIP+0):感谢您的参与，欢迎常来！ 12-17 09:13
qau204(金币+20,VIP+0):谢谢您 12-17 18:16
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Alert level A PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 9.61 Ratio 氢的大小差别太大，H定错或隐含有其他原子有问题，因为下面的提示可以看到采用了理论加氢 PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 230.00 A**3 有很大的溶剂空洞，没看到数据不好具体判断原因 PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed 理论加氢没有误差值，cif中的加氢方式指定错误，手工改为constr即可 PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........ cif文件没有处理完毕的缘故，空间群没给出，手工加或者运行xcif Alert level B DIFMX01_ALERT_2_B The maximum difference density is > 0.1*ZMAX*1.00 _refine_diff_density_max given = 0.968 Test value = 0.800 密度测试值与计算值差别太大。应该也是文件没有处理的缘故。 PLAT094_ALERT_2_B Ratio of Maximum / Minimum Residual Density .... 4.03 上面一个错误的继续 PLAT097_ALERT_2_B Large Reported Max. (Positive) Residual Density 0.97 eA-3 上上面一个错误的继续 PLAT414_ALERT_2_B Short Intra D-H..H-X H4 .. H28C .. 1.89 Ang. 分子内两个氢过近，有一个氢处理有问题 PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O4 - H4 ... ? 氢键有人给没人要，也就不是氢键了 需要数据才行！！！ |
10楼2009-12-16 21:35:05