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【求助】cube+gsgrid 电子密度值为何全为负？
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为研究两个分子间的相互作用，采用高斯03计算cube文件，然后导入gsgrid之后，得到电子密度差，但是发现6400个格点的差值全为负值，不知道是何原因。附上我的输入文件，请大家帮忙看看，谢谢。不知道是不是因为我的格点文件设的位置不对，还是网格画得太小，请大家多多指教。 # rb3lyp/6-31g(d,p) nosymm geom=connectivity POP=FULL cube=(density,cards) GlyHOPBDE7631dpdensity 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 C 4 B4 3 A3 2 D2 C 5 B5 4 A4 3 D3 O 3 B6 2 A5 1 D4 C 7 B7 3 A6 2 D5 C 8 B8 7 A7 3 D6 C 9 B9 8 A8 7 D7 C 10 B10 9 A9 8 D8 C 11 B11 10 A10 9 D9 C 12 B12 11 A11 10 D10 Br 11 B13 10 A12 9 D11 Br 9 B14 8 A13 7 D12 Br 2 B15 1 A14 6 D13 Br 10 B16 9 A15 8 D14 O 13 B17 12 A16 11 D15 Br 1 B18 6 A17 5 D16 H 4 B19 3 A18 2 D17 H 5 B20 4 A19 3 D18 H 6 B21 5 A20 4 D19 H 12 B22 11 A21 10 D20 H 18 B23 13 A22 12 D21 C 18 B24 13 A23 12 D22 N 25 B25 18 A24 13 D23 C 26 B26 25 A25 18 D24 O 25 B27 18 A26 13 D25 O 25 B28 18 A27 13 D26 H 26 B29 25 A28 18 D27 H 26 B30 25 A29 18 D28 H 27 B31 26 A30 25 D29 H 27 B32 26 A31 25 D30 H 29 B33 25 A32 18 D31 B1 1.39814000 B2 1.40185033 B3 1.39360903 B4 1.39244609 B5 1.39261104 B6 1.37927442 B7 1.37645209 B8 1.39571674 B9 1.40534335 B10 1.39924373 B11 1.39384649 B12 1.39401132 B13 1.90144620 B14 1.89347116 B15 1.89609090 B16 1.89290473 B17 1.35244640 B18 1.90207933 B19 1.08379534 B20 1.08515900 B21 1.08310540 B22 1.08370282 B23 0.99179412 B24 3.09785961 B25 2.51848652 B26 1.44807557 B27 1.22800097 B28 1.33117983 B29 1.01712896 B30 1.01708497 B31 1.09665010 B32 1.09664914 B33 0.98184356 A1 119.04592565 A2 120.57525717 A3 119.60616319 A4 120.58159981 A5 117.61356736 A6 118.44608970 A7 120.77770634 A8 120.77538272 A9 118.30145586 A10 121.27473459 A11 120.17374158 A12 121.39943051 A13 117.48236722 A14 122.15887113 A15 120.58694131 A16 123.35206850 A17 118.21851733 A18 119.13961646 A19 119.75284082 A20 121.03081668 A21 119.83594186 A22 112.10999098 A23 130.02131532 A24 147.98206263 A25 32.96671094 A26 56.22079376 A27 68.38060309 A28 90.34666489 A29 90.44414235 A30 110.21265103 A31 110.18551776 A32 111.25300523 D1 -0.00811447 D2 0.42148373 D3 -0.49836612 D4 -177.25237842 D5 -138.66114190 D6 -110.96173216 D7 -173.97822428 D8 -0.50353147 D9 -0.20844836 D10 0.53417980 D11 179.93564157 D12 6.44293062 D13 179.12915427 D14 179.79458538 D15 -179.57749789 D16 179.63723245 D17 -178.12198690 D18 -179.79191754 D19 -179.72553294 D20 179.98719539 D21 -10.95382906 D22 -54.62568143 D23 72.19202349 D24 -176.80415928 D25 76.31126946 D26 -105.62758069 D27 55.87331720 D28 -49.59770987 D29 122.11373815 D30 -121.95704460 D31 -2.67174760 1 2 1.5 6 1.5 19 1.0 2 3 1.5 16 1.0 3 4 1.5 7 1.0 4 5 1.5 20 1.0 5 6 1.5 21 1.0 6 22 1.0 7 8 1.0 8 9 1.5 13 1.5 9 10 1.5 15 1.0 10 11 1.5 17 1.0 11 12 1.5 14 1.0 12 13 1.5 23 1.0 13 18 1.0 14 15 16 17 18 24 1.0 19 20 21 22 23 24 25 27 1.0 28 2.0 29 1.5 26 27 1.0 30 1.0 31 1.0 27 32 1.0 33 1.0 28 29 34 1.0 30 31 32 33 34 GLYHOPBDE7.cube -51 -2.0 -2.0 -2.0 80 0.050 0.000 0.000 80 0.000 0.050 0.000 80 0.000 0.000 0.050 OCCA [ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-14 at 12:46 ] |
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是的，你取的格点坐标不对，只包含了一小部分分子。 一个问题： 你取-2.0 -2.0 -2.0 如果取-2.0 -2.0 -2.0的话，步长0.05，80步刚好走完cube到达2.0 2.0 2.0。 只有4埃。这个空间装不下你的分子。 不知道你的分子长度有多少埃？ 如果是16埃能装下，分子中心在坐标原点。要取-8 -8 -8，这是cube左下方的起点。一般到右上方的终点为：8 8 8。 这时步长要取0.2 0.2 0.2。 不难看出，步长0.2乘格点数80要等于16，才是一个装得下分子的完全空间。 你现在输入时的分子中心坐标虽然不在坐标原点（0，0，0），GS在计算时作对称性分析，还是会挪动分子，让分子中心坐标在坐标原点。 如果分子中心坐标不在坐标原点（0，0，0），可以不取-8 -8 -8作为起点。如取-5 -5 -5，那么按步长0.2乘格点数80，将会一直走到11 11 11。长度加起来还是16。 这样调整，以将分子装在cube中间为准。 当然作图时还可对取图幅面进行调整。 但如果你的分子根本没有在cube中装完全，是调整不出来的！ 你已经走到这一步了，离作图成功只差一步了，加油！ [ Last edited by zhou2009 on 2009-12-14 at 20:37 ] |
3楼2009-12-14 19:24:52
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对于-51 -2 -2 -2 -51，负数，那么将产生格式化文件；否则写非格式化文件。Gsgrid要求格式化文件。 51是输出单元编号，你自定的。 51这里，一旦进入Gsgrid截取一个截面输出新的cube之后，Gsgrid将给它安排新的意义，是分子的原子数目。 -2 -2 -2，是你三维空间格点文件的起始点的x、y、z的坐标。 注意，不要将这个起始点与坐标原点(0、0、0）搞混了。 望你继续在此帖跟帖说明你作图的进展及新出现的问题，我将一直关注此帖，直到你作图成功。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-12-15 at 09:08 ] |
6楼2009-12-15 07:22:12
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