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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » 【求助】cube+gsgrid 电子密度值为何全为负？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zlding

木虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-12-15 11:39:
你这时不用写-34，只要是负数即可。数字是你随意取的编号。

我来问zhou一个问题，呵呵，我计算六个Au原子的cube文件，输入文件如下：
%chk=Aud1Ldensity.chk
%mem=3600MB
%nproc=16
#Lanl2dz POP=FULL IOP(6/7=3) cube=(density,cards) NOSYMM

6Au density

0 1
Au                 8.84813900   -0.00002300    0.00005000
Au                 8.84813900   -2.88402400    0.00005000
Au                 8.84814000    2.88397600    0.00005000
Au                -8.84810200   -0.00002100    0.00005000
Au                -8.84810200   -2.88402100    0.00005000
Au                -8.84810100    2.88397900    0.00005000

Aud1density.cube
-51   -8.000000   -8.000000   -4.000000
160    0.100000    0.000000    0.000000
160    0.000000    0.100000    0.000000
160    0.000000    0.000000    0.050000

但报错为：Logic error in ASyTop.
Error termination via Lnk1e in /home/users/sitpcxs/g03_original/g03/l202.exe at Sun Dec 13 19:38:35 2009.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 15.4 seconds.
但我做其他的比如三角形Au的情况是没有问题的，呵呵麻烦zhou了，非常感谢。
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11楼2009-12-15 15:00:21
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zhou2009

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yjcmwgk(金币+6,VIP+0):天哪，周专家你太耐心了！小卒扪心自问，自叹不如 12-15 16:41
LZ，从你的输入数据，我感到还要说一说。
你的两个分子间的相互作用，设两个分子为A、B，它们相互作用的分子体系为AB。

1、先用内坐标输入AB分子体系信息，对它进行优化计算，此时不加nosymm，计算后，分子挪到xz为分子主要的平面，挪动分子电荷重心到坐标原点，得到一个AB分子体系的直角坐标表示。

2、以这直角坐标表示算AB分子体系的单点能，加nosymm把它固定起来，加cube=(density,cards)，得到cube文件AB. Cube；

3、算A，取A的坐标为AB中直角坐标值，加nosymm、cube=(density,cards)及后面的“cards”内容，照写。计算后得到A. Cube；

4、算B，取B的坐标为AB中直角坐标值，加nosymm、cube=(density,cards)及后面的“cards”内容，照写。计算后得到B. Cube；

5、在gsgrid中进行相减：AB. Cube－A. Cube，将得到的结果AB-A. Cube再次进入gsgrid中进行相减：AB-A. Cube－B. Cube，得到AB-A-B. Cube，此即密度差。

6、对三维的AB-A-B. Cube取一个合适的截面另取名，进入sigmaplot中作等值线图。

你是这样的步骤吗？

[ Last edited by zhou2009 on 2009-12-15 at 15:51 ]
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12楼2009-12-15 15:46:42
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zhou2009

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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 12-15 16:42
zlding：

我看了你的输入，没有发现有什么格式上的问题。

Au排成这样子是否合理我没有经验。
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13楼2009-12-15 16:10:34
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lifei_dut

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-12-15 15:46:
LZ，从你的输入数据，我感到还要说一说。
你的两个分子间的相互作用，设两个分子为A、B，它们相互作用的分子体系为AB。

1、先用内坐标输入AB分子体系信息，对它进行优化计算，此时不加nosymm，计算后，分子挪 ...

看来是我算错了？我开始是讲两个分子一起进行优化，直接加的nosymm。是不是要按照zhou专家说得那样，先不加nosymm优化后，然后再计算。后面说得分子坐标挪动的不是很明白。
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14楼2009-12-16 08:43:11
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zhou2009

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yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 12-16 09:13
所谓“分子坐标挪动”，是指当不加nosymm进行时，你原来输入时分子主要平面是xy。但GS在作对称性分析时，会将分子坐标挪动到xz平面，最后输出的坐标也是xz平面。

由于你一开始就加了nosymm，所以没有分子坐标挪动。由于优化时即指定不作对称性分析，可能会影响优化计算结果。
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15楼2009-12-16 09:08:51
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zlding

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引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-12-15 16:10:
zlding：

我看了你的输入，没有发现有什么格式上的问题。

Au排成这样子是否合理我没有经验。

好的，呵呵谢谢zhou
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16楼2009-12-17 10:08:10
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