应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » 【求助】cube+gsgrid 电子密度值为何全为负？
51/1返回列表
查看: 866  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】cube+gsgrid 电子密度值为何全为负？

为研究两个分子间的相互作用，采用高斯03计算cube文件，然后导入gsgrid之后，得到电子密度差，但是发现6400个格点的差值全为负值，不知道是何原因。附上我的输入文件，请大家帮忙看看，谢谢。不知道是不是因为我的格点文件设的位置不对，还是网格画得太小，请大家多多指教。
# rb3lyp/6-31g(d,p) nosymm geom=connectivity POP=FULL  cube=(density,cards)

GlyHOPBDE7631dpdensity

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
C                  5              B5    4              A4    3              D3
O                  3              B6    2              A5    1              D4
C                  7              B7    3              A6    2              D5
C                  8              B8    7              A7    3              D6
C                  9              B9    8              A8    7              D7
C                 10             B10    9              A9    8              D8
C                 11             B11   10             A10    9              D9
C                 12             B12   11             A11   10             D10
Br                11             B13   10             A12    9             D11
Br                 9             B14    8             A13    7             D12
Br                 2             B15    1             A14    6             D13
Br                10             B16    9             A15    8             D14
O                 13             B17   12             A16   11             D15
Br                 1             B18    6             A17    5             D16
H                  4             B19    3             A18    2             D17
H                  5             B20    4             A19    3             D18
H                  6             B21    5             A20    4             D19
H                 12             B22   11             A21   10             D20
H                 18             B23   13             A22   12             D21
C                 18             B24   13             A23   12             D22
N                 25             B25   18             A24   13             D23
C                 26             B26   25             A25   18             D24
O                 25             B27   18             A26   13             D25
O                 25             B28   18             A27   13             D26
H                 26             B29   25             A28   18             D27
H                 26             B30   25             A29   18             D28
H                 27             B31   26             A30   25             D29
H                 27             B32   26             A31   25             D30
H                 29             B33   25             A32   18             D31

   B1             1.39814000
   B2             1.40185033
   B3             1.39360903
   B4             1.39244609
   B5             1.39261104
   B6             1.37927442
   B7             1.37645209
   B8             1.39571674
   B9             1.40534335
   B10            1.39924373
   B11            1.39384649
   B12            1.39401132
   B13            1.90144620
   B14            1.89347116
   B15            1.89609090
   B16            1.89290473
   B17            1.35244640
   B18            1.90207933
   B19            1.08379534
   B20            1.08515900
   B21            1.08310540
   B22            1.08370282
   B23            0.99179412
   B24            3.09785961
   B25            2.51848652
   B26            1.44807557
   B27            1.22800097
   B28            1.33117983
   B29            1.01712896
   B30            1.01708497
   B31            1.09665010
   B32            1.09664914
   B33            0.98184356
   A1           119.04592565
   A2           120.57525717
   A3           119.60616319
   A4           120.58159981
   A5           117.61356736
   A6           118.44608970
   A7           120.77770634
   A8           120.77538272
   A9           118.30145586
   A10          121.27473459
   A11          120.17374158
   A12          121.39943051
   A13          117.48236722
   A14          122.15887113
   A15          120.58694131
   A16          123.35206850
   A17          118.21851733
   A18          119.13961646
   A19          119.75284082
   A20          121.03081668
   A21          119.83594186
   A22          112.10999098
   A23          130.02131532
   A24          147.98206263
   A25           32.96671094
   A26           56.22079376
   A27           68.38060309
   A28           90.34666489
   A29           90.44414235
   A30          110.21265103
   A31          110.18551776
   A32          111.25300523
   D1            -0.00811447
   D2             0.42148373
   D3            -0.49836612
   D4          -177.25237842
   D5          -138.66114190
   D6          -110.96173216
   D7          -173.97822428
   D8            -0.50353147
   D9            -0.20844836
   D10            0.53417980
   D11          179.93564157
   D12            6.44293062
   D13          179.12915427
   D14          179.79458538
   D15         -179.57749789
   D16          179.63723245
   D17         -178.12198690
   D18         -179.79191754
   D19         -179.72553294
   D20          179.98719539
   D21          -10.95382906
   D22          -54.62568143
   D23           72.19202349
   D24         -176.80415928
   D25           76.31126946
   D26         -105.62758069
   D27           55.87331720
   D28          -49.59770987
   D29          122.11373815
   D30         -121.95704460
   D31           -2.67174760

1 2 1.5 6 1.5 19 1.0
2 3 1.5 16 1.0
3 4 1.5 7 1.0
4 5 1.5 20 1.0
5 6 1.5 21 1.0
6 22 1.0
7 8 1.0
8 9 1.5 13 1.5
9 10 1.5 15 1.0
10 11 1.5 17 1.0
11 12 1.5 14 1.0
12 13 1.5 23 1.0
13 18 1.0
14
15
16
17
18 24 1.0
19
20
21
22
23
24
25 27 1.0 28 2.0 29 1.5
26 27 1.0 30 1.0 31 1.0
27 32 1.0 33 1.0
28
29 34 1.0
30
31
32
33
34

GLYHOPBDE7.cube
-51  -2.0   -2.0   -2.0
80  0.050  0.000  0.000
80  0.000  0.050  0.000
80  0.000  0.000  0.050

OCCA

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-14 at 12:46 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-12-14 11:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-12-15 11:39:
你这时不用写-34，只要是负数即可。数字是你随意取的编号。

你们都好勤快啊
我从来都是写-9
为什么呢？因为在无论是在101键盘上，还是在小键盘上，9键和负号键都是距离最近的，哈哈
赞一下 回复此楼
9楼2009-12-15 11:52:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

lifei_dut

金虫 (小有名气)
刚才看了一下，发现是我的格点坐标不对，只包含了一小部分分子。那么如何做能够让网格包含整个分子呢？请大家帮忙看一下，十分感谢。
赞一下 回复此楼
2楼2009-12-14 11:59:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+6,VIP+0): 12-15 09:42
是的，你取的格点坐标不对，只包含了一小部分分子。

一个问题：

你取-2.0   -2.0   -2.0
如果取-2.0   -2.0   -2.0的话，步长0.05，80步刚好走完cube到达2.0   2.0   2.0。
只有4埃。这个空间装不下你的分子。

不知道你的分子长度有多少埃？
如果是16埃能装下，分子中心在坐标原点。要取-8  -8  -8，这是cube左下方的起点。一般到右上方的终点为：8  8  8。
这时步长要取0.2  0.2  0.2。

不难看出，步长0.2乘格点数80要等于16，才是一个装得下分子的完全空间。

你现在输入时的分子中心坐标虽然不在坐标原点（0，0，0），GS在计算时作对称性分析，还是会挪动分子，让分子中心坐标在坐标原点。

如果分子中心坐标不在坐标原点（0，0，0），可以不取-8  -8  -8作为起点。如取-5  -5  -5，那么按步长0.2乘格点数80，将会一直走到11  11  11。长度加起来还是16。

这样调整，以将分子装在cube中间为准。
当然作图时还可对取图幅面进行调整。
但如果你的分子根本没有在cube中装完全，是调整不出来的！

你已经走到这一步了，离作图成功只差一步了，加油！

[ Last edited by zhou2009 on 2009-12-14 at 20:37 ]
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-12-14 19:24:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lifei_dut

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-12-14 19:24:
是的，你取的格点坐标不对，只包含了一小部分分子。

一个问题：

你取-2.0   -2.0   -2.0
如果取-2.0   -2.0   -2.0的话，步长0.05，80步刚好走完cube到达2.0   2.0   2.0。
只有4埃。这个空间装不下你的分 ...

非常感谢大名鼎鼎的周专家啊，我继续试一下。
赞一下 回复此楼
4楼2009-12-14 21:10:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭