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castep

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】我想算甘油分子的静电势能

我的输入文件如下, 不知道对不对 ,,,,,,,,,,
大家帮我改一下

%chk=glycerolesp.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# prop=efg b3lyp/6-311g(d,p) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
O                  2              B3    1              A2    3              D1
H                  1              B4    2              A3    4              D2
O                  1              B5    2              A4    4              D3
H                  2              B6    1              A5    6              D4
H                  3              B7    2              A6    1              D5
H                  4              B8    2              A7    1              D6
O                  3              B9    2              A8    1              D7
H                  3             B10    2              A9    1              D8
H                  1             B11    6             A10    2              D9
H                  6             B12    1             A11    2             D10
H                 10             B13    3             A12    2             D11

   B1             1.53366451
   B2             1.53097031
   B3             1.42942357
   B4             1.09215034
   B5             1.42716077
   B6             1.09701650
   B7             1.09275710
   B8             0.96772356
   B9             1.43358443
   B10            1.09621313
   B11            1.09801814
   B12            0.96875826
   B13            0.96484924
   A1           112.78171469
   A2           109.45636475
   A3           109.89838628
   A4           110.60139482
   A5           109.10044882
   A6           110.92778414
   A7           105.29367163
   A8           111.25706595
   A9           109.47014596
   A10          111.71151753
   A11          106.05552054
   A12          105.64191555
   D1           121.20852547
   D2           -68.68095782
   D3            47.99266303
   D4           166.14968661
   D5           -55.65143407
   D6           -20.77720217
   D7            62.62795496
   D8          -175.14840762
   D9          -123.37230752
   D10           58.45971151
   D11           65.24787716

1 2 1.0 5 1.0 6 1.0 12 1.0
2 3 1.0 4 1.0 7 1.0
3 8 1.0 10 1.0 11 1.0
4 9 1.0
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多多交流！
1楼 2009-12-13 16:12:00
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zhou2009

版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
分子的静电势值是一个分子空间各处、各点有一个值的概念。

因此要用cubegen命令或cube关键词并指定计算potential（静电势）来进行，这样得到分子空间一个格点文件，每一个格点有一个具体的静电势值，该文件可以作图观察。
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2楼2009-12-13 16:42:10
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ggdh

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
恩 这样算只能得到每个原子处的静电势吧。不过输入文件没有问题
**********************************************************************

            Electrostatic Properties Using The SCF Density

**********************************************************************

       Atomic Center    1 is at  -1.242854 -0.084919  0.685933
       Atomic Center    2 is at  -0.013426  0.801205  0.450523
       Atomic Center    3 is at   1.305318  0.040445  0.611852
       Atomic Center    4 is at  -0.068330  1.351233 -0.867698
       Atomic Center    5 is at  -2.142463  0.532517  0.733552
       Atomic Center    6 is at  -1.436225 -0.977176 -0.411005
       Atomic Center    7 is at  -0.026437  1.631110  1.167833
       Atomic Center    8 is at   1.363226 -0.436538  1.593306
       Atomic Center    9 is at  -0.665585  0.771601 -1.361460
       Atomic Center   10 is at   1.421357 -1.009817 -0.356987
       Atomic Center   11 is at   2.144343  0.739705  0.518280
       Atomic Center   12 is at  -1.148282 -0.625154  1.637167
       Atomic Center   13 is at  -0.622498 -1.498438 -0.479038
       Atomic Center   14 is at   1.469044 -0.569096 -1.213973
-----------------------------------------------------------------

              Electrostatic Properties (Atomic Units)

-----------------------------------------------------------------
    Center     Electric         -------- Electric Field --------
               Potential          X             Y             Z
-----------------------------------------------------------------
    1 Atom    -14.720978      0.001965      0.006001      0.005424
    2 Atom    -14.717241      0.000346     -0.004423      0.007294
    3 Atom    -14.720812     -0.002909      0.007754      0.004963
    4 Atom    -22.376723      0.021767      0.039209     -0.014433
    5 Atom     -1.113387     -0.015706      0.009899      0.000600
    6 Atom    -22.373226     -0.039391     -0.003780     -0.026441
    7 Atom     -1.109289     -0.000307      0.014407      0.011147
    8 Atom     -1.105460      0.001359     -0.008438      0.016328
    9 Atom     -1.006973     -0.015003     -0.012322     -0.013604
   10 Atom    -22.360869      0.004139     -0.045929      0.010639
   11 Atom     -1.112890      0.014450      0.010731     -0.002104
   12 Atom     -1.111041      0.001083     -0.009813      0.014728
   13 Atom     -1.006894      0.019259     -0.013558     -0.002951
   14 Atom     -0.994775      0.002428      0.008844     -0.021994
-----------------------------------------------------------------
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3楼2009-12-13 16:52:30
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zhou2009

版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Electrostatic potential    静电势

Electrostatic Properties  静电性能

Electric  Potential         电势
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4楼2009-12-13 19:52:36
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castep

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-12-13 16:42:
分子的静电势值是一个分子空间各处、各点有一个值的概念。

因此要用cubegen命令或cube关键词并指定计算potential（静电势）来进行，这样得到分子空间一个格点文件，每一个格点有一个具体的静电势值，该文件可以 ...

具体怎么做，我的帖子已经给了输入文件了，你能不能帮我改成一个能算得输入文件 ，用你说的那个关键词cube， 我不知道怎么做
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多多交流！
5楼2009-12-14 09:52:20
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