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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】EcoO1091酶切位点的保护碱基该怎么添加呢
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lc198525

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】EcoO1091酶切位点的保护碱基该怎么添加呢

EcoO1091酶切位点的保护碱基该怎么添加呢？原则上是在引物的内切酶5’端加上一到三个保护碱基，但是具体加上哪个碱基后的切割率比较高呢？查到资料里倒是有不少内切酶酶切位点的保护碱基表，但是大部分都是常用的内切酶的保护碱基。请指点，万分感谢！
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1楼 2009-12-11 17:37:34
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steven689

木虫 (著名写手)
加三到四个足亦，多用GC序列
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4楼2009-12-12 08:26:23
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iaminxanadu

木虫 (正式写手)
加5个吧， 多切会儿，优化一下连接体系建文库也行
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2楼2009-12-12 00:51:45
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dyyyyy

铁杆木虫 (著名写手)
也可以不加，连到t载体上，变成一个质粒
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3楼2009-12-12 08:02:16
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bioxixi

木虫 (著名写手)
我没有用过这个酶切位点，具体也不太了解的
在我的印象里，保护碱基并没有具体要求的，主要是帮助内切酶识别酶切位点，主要是数量要有3-8个为宜，对碱基没有具体要求，我一般是根据引物的GC含量来随机调整，一般GC用的多，如果GC含量高了才添加AT。
个人见解，也不一定有依据了
保护碱基的数量也可以查到，在一些产品手册的前面会有列出酶切位点需要几个保护碱基能达到较高的切割率，大多三四个就足矣，我一般是加4个，老师建议加8个，利于识别。
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5楼2009-12-12 09:07:20
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