应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教Amber中引入小分子问题
51/1返回列表
查看: 418  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教Amber中引入小分子问题

我在sybyl软件里画了一个小分子结构，想引入Amber中作为蛋白质的溶剂进行分子动力学，但是总是不能保存Prmtop、inpcrd文件，提示找不到相关参数，这是哪里出问题了呢？有人用过自己画的分子引入Amber中做动力学的吗？或者怎样去画小分子才能被Amber认可呢？请高手指教！多谢帮忙！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-12-10 16:07:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

molech

铁虫 (初入文坛)

可以用以下步骤

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 14:29
1. 用xleap建立模型，比如保存为model.pdb
2. 使用antechamber，得到model.mol2和model.ac文件
3. 使用prepgen并利用model.ac文件得到model.prep文件
4. 在xleap/tleap中导入leaprc.gaff, model.prep和model.pdb来生成model.top和model.crd文件
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-12-10 20:32:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:29
先pro=loadpdb "XXX.pdb"
看结果，如果有不认别的基团，需要构建参数

[ Last edited by javacfish on 2009-12-10 at 17:49 ]
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-12-10 17:44:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yfw7210

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-10 17:44:
先pro=loadpdb "XXX.pdb"
看结果，如果有不认别的基团，需要构建参数

[ Last edited by javacfish on 2009-12-10 at 17:49 ]

如何确定能不能识别？构建参数呢，可以说详细些吗？
赞一下 回复此楼
3楼2009-12-10 20:12:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:29
pro=loadpdb "XXX.pdb
会报错，然后你用parmchk 或文献报道的数据做
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-12-10 20:26:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭