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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教Amber中引入小分子问题
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yfw7210

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教Amber中引入小分子问题

我在sybyl软件里画了一个小分子结构，想引入Amber中作为蛋白质的溶剂进行分子动力学，但是总是不能保存Prmtop、inpcrd文件，提示找不到相关参数，这是哪里出问题了呢？有人用过自己画的分子引入Amber中做动力学的吗？或者怎样去画小分子才能被Amber认可呢？请高手指教！多谢帮忙！
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1楼 2009-12-10 16:07:03
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:29
先pro=loadpdb "XXX.pdb"
看结果，如果有不认别的基团，需要构建参数

[ Last edited by javacfish on 2009-12-10 at 17:49 ]
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2楼2009-12-10 17:44:44
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yfw7210

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-10 17:44:
先pro=loadpdb "XXX.pdb"
看结果，如果有不认别的基团，需要构建参数

[ Last edited by javacfish on 2009-12-10 at 17:49 ]

如何确定能不能识别？构建参数呢，可以说详细些吗？
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3楼2009-12-10 20:12:08
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:29
pro=loadpdb "XXX.pdb
会报错，然后你用parmchk 或文献报道的数据做
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-12-10 20:26:46
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molech

铁虫 (初入文坛)

可以用以下步骤

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 14:29
1. 用xleap建立模型，比如保存为model.pdb
2. 使用antechamber，得到model.mol2和model.ac文件
3. 使用prepgen并利用model.ac文件得到model.prep文件
4. 在xleap/tleap中导入leaprc.gaff, model.prep和model.pdb来生成model.top和model.crd文件
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5楼2009-12-10 20:32:54
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