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elalei1999

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】克隆目的基因遇阻

在下设计了简并引物,提取植物叶片的RNA,反转录cDNa后,PCR扩Actin,每次都能得到正常的条带,但是加入目的基因引物扩增,要么扩不出东西,要么得到的是引物二聚体。(已采用退火温度梯度)
请大伙给出出主意,我可能是在哪里出了问题。谢谢。
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陈思容

铜虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
学习了,我也是根据同源保守区设计的引物,TD-PCR出来的只有引物二聚体条带,现在尝试换模板
6楼2009-12-09 16:40:12
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elalei1999

铜虫 (小有名气)

能得到Actin的条带,是否能说明我的反转录是成功的,cDNA是完整的?
不抛弃,不放弃!
2楼2009-12-09 13:55:31
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yangym1123

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
退火温度具体是多少呢,兼并引物的退火温度可以降低到45度或者更低试试,先出现条带再说了!actin扩出条带,一般说是28个循环可以扩增得到很亮的条带说明反转录没有问题,如果再扩不出来,试试巢式PCR或者可能是引物不好!祝你好运哦!
3楼2009-12-09 14:14:10
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liyong1981

金虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这个问题很多人提出来过,我记得我前阵子回答过,
、你扩出保守基因能说明什么呢?首先你要搞清楚,保守基因在RT实验中的作用,它是一个相对定量的内参,或者说是一个你目的基因表达量的相对参照物,扩出来ACTIN是很容易的事,即使你的反转录效率低,CDNA不完全!
我建议你,1,重新用MLV做一次RT,记住这步很关键,
2,在第一步仔细的基础上,重新设计下引物 ,引物这东西有时候就是很奇怪的,多试试吧,
3.植物的我以前做过,如果你只是在EST重设计一段引物看表达量的话,应该很容易做,如果做RACE或者其他,那就费点事了,慢慢来
4,有引物二聚体说明你体系基本问题不大
5,RT后的第一链CDNA,要注意保存好,最好立马就做扩增,因为你也知道,DNA单链不稳定的,或者你费点事,RT的时候做成双链的
6.希望对你有帮助
4楼2009-12-09 14:16:31
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