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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】模拟软件请教
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main128

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】模拟软件请教

请问各位大虾，我打算做直链多糖的分子构像模拟，该用哪个软件呢？
小人刚初学，还未入门，请多多指教！！！

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-1 at 21:12 ]
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1楼 2009-12-01 13:15:33
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
javacfish(金币+1,VIP+0):感谢建议 12-1 17:14
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 21:56
charmm有糖的力场,可以用aamd,没必要用sbcgmd.
java版主给出的仅仅是经典MD软件,并不是单纯用来做构象分析.
赞一下(17人) 回复此楼
3楼2009-12-01 17:11:33
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-1 21:12
amber或Groamcs,namd的sbcg你也可以考虑一下
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-12-01 15:50:08
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main128

木虫 (正式写手)
非常感谢大家对小生的指导！

对，正如bay__gulf 所说，我最需要的是关于模拟糖的软件，更关心的是糖方面的分子动力学模拟。

希望大虾们接着多多指教啊
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4楼2009-12-03 15:51:54
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-3 20:16
gmx, namd, charmm, amber 以及MS, DS 应该都可以吧
前两个开源免费, 速度快, 是首选.
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-12-03 19:57:34
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