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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】模拟软件请教
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main128

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】模拟软件请教

请问各位大虾，我打算做直链多糖的分子构像模拟，该用哪个软件呢？
小人刚初学，还未入门，请多多指教！！！

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-1 at 21:12 ]
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1楼 2009-12-01 13:15:33
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-1 21:12
amber或Groamcs,namd的sbcg你也可以考虑一下
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2楼2009-12-01 15:50:08
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
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javacfish(金币+1,VIP+0):感谢建议 12-1 17:14
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 21:56
charmm有糖的力场,可以用aamd,没必要用sbcgmd.
java版主给出的仅仅是经典MD软件,并不是单纯用来做构象分析.
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3楼2009-12-01 17:11:33
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main128

木虫 (正式写手)
非常感谢大家对小生的指导！

对，正如bay__gulf 所说，我最需要的是关于模拟糖的软件，更关心的是糖方面的分子动力学模拟。

希望大虾们接着多多指教啊
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4楼2009-12-03 15:51:54
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-3 20:16
gmx, namd, charmm, amber 以及MS, DS 应该都可以吧
前两个开源免费, 速度快, 是首选.
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5楼2009-12-03 19:57:34
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molech

铁虫 (初入文坛)

推荐amber

★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-19 15:01
用amber中的leap构建分子模型，输入文件等可以参考http://128.192.9.180/。使用glycam力场参数在sander进行计算。
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6楼2009-12-04 12:10:54
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main128

木虫 (正式写手)
来自: moueor  
到: main128
时间: 2009-12-1 14:39
内容: 建议你使用ME或者Scigress，详情参考
http://www.tech-box.com.cn/2Materials%20Explorer.html
http://www.tech-box.com.cn/Scigress%20Explorer.html
或者可以具体地问一下他们的技术，support@tech-box.com.cn
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7楼2009-12-17 15:48:10
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judy1931

铜虫 (小有名气)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-19 15:03
MD应该就可以吧，而且你可以在其他的比较容易确定光学结构的软件里画好结构式然后直接拷到MD中，比较方便
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8楼2009-12-19 11:34:44
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