24小时热门版块排行榜    

查看: 626  |  回复: 7
当前主题已经存档。

main128

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】模拟软件请教

请问各位大虾,我打算做直链多糖的分子构像模拟,该用哪个软件呢?
小人刚初学,还未入门,请多多指教!!!

[ Last edited by lei0736 on 2009-12-1 at 21:12 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-1 21:12
amber或Groamcs,namd的sbcg你也可以考虑一下
2楼2009-12-01 15:50:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
javacfish(金币+1,VIP+0):感谢建议 12-1 17:14
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 21:56
charmm有糖的力场,可以用aamd,没必要用sbcgmd.
java版主给出的仅仅是经典MD软件,并不是单纯用来做构象分析.
3楼2009-12-01 17:11:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

main128

木虫 (正式写手)

非常感谢大家对小生的指导!

对,正如bay__gulf 所说,我最需要的是关于模拟糖的软件,更关心的是糖方面的分子动力学模拟。

希望大虾们接着多多指教啊
4楼2009-12-03 15:51:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-3 20:16
gmx, namd, charmm, amber 以及MS, DS 应该都可以吧
前两个开源免费, 速度快, 是首选.
5楼2009-12-03 19:57:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

molech

铁虫 (初入文坛)

推荐amber

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-19 15:01
用amber中的leap构建分子模型,输入文件等可以参考http://128.192.9.180/。使用glycam力场参数在sander进行计算。
6楼2009-12-04 12:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

main128

木虫 (正式写手)

来自: moueor  
到: main128
时间: 2009-12-1 14:39
内容: 建议你使用ME或者Scigress,详情参考
http://www.tech-box.com.cn/2Materials%20Explorer.html
http://www.tech-box.com.cn/Scigress%20Explorer.html
或者可以具体地问一下他们的技术,support@tech-box.com.cn
7楼2009-12-17 15:48:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

judy1931

铜虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-19 15:03
MD应该就可以吧,而且你可以在其他的比较容易确定光学结构的软件里画好结构式然后直接拷到MD中,比较方便
8楼2009-12-19 11:34:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 main128 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 中科院材料273求调剂 +4 yzydy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化,一志愿:哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy! 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 云南财经大学信息学院计算机学硕专硕学位点 +3 zjptai 2026-03-10 5/250 2026-03-14 01:23 by 飞行琦
[考研] 求调剂 +6 yfihxh 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:18 by JourneyLucky
[考研] 招收0805(材料)调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] b区环境工程求调剂 +4 Maps1 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:23 by JourneyLucky
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 工科,求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 土木第一志愿276求调剂,科研和技能十分丰富,求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 420求调剂 +4 莫向外求11 2026-03-10 6/300 2026-03-12 14:41 by ruiyingmiao
[考研] 085600 材料与化工 295 求调剂 +10 dream…… 2026-03-10 12/600 2026-03-12 13:46 by dream……
信息提示
请填处理意见