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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】g09中连续计算的命令行如何写？
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xtdut

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】g09中连续计算的命令行如何写？

在g09的用户手册和例子中经常看到是一个简单的分子（比如水、乙烷等）优化构型，接着计算单点能什么的。我的问题是：这两步计算是共用一个分子说明部分，还是第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分？如果我想将第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分，第二步计算结果作为第三步的分子说明部分，第三步计算结果作为第四步计算的分子说明部分，并且每一步计算中的电荷数和自旋多重度要自己定义，每一步的计算结果都要写在输出文件中（也就是.log中）以方便最后使用gview查看结果，命令行应该如何写？同时如何用gview查看每一步的计算结果也是个问题？另外，听人说g09不稳定，这种连续计算要是中间某一步出错，整个计算就会终止，如何避免？希望大家能够耐心点给出命令行的写法及注意事项，不要一个--link1--命令行就了事，其实这里面有很多说道及注意事项的，用户手册和例子中也没有明确地说明，需要大家给出自己的使用心得与经验，谢谢大家！
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1楼2009-11-29 09:22:34
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xtdut(金币+2,VIP+0):受教了，其实我也不想用--link1--的，只是换用服务器后，计算速度加快了，有时候晚上算完了，机器就白白地开着，得等到第二天早晨上班了才能接着计算下一步任务，感觉浪费了很多时间，所以才有这么一问，总之要感谢您的回复！ 11-29 11:45
yjcmwgk(金币+5,VIP+0): 11-30 14:17
我的经验和心得：
1、能不用--link1--尽量不用。能分开操作尽量分开操作。高斯计算不是递交一大堆任务等着算，而是每一步结果都要分析过程、确认结论，必要时还要监控执行的过程，然后再安排下一步工作。
2、没有g09，所以只以g03为例说一下，特定的、极其简单的例子，可以用--link1--的时候，用geom=check或者geom=allcheck，无论用哪个都是共用分子坐标的，而且都是用前一个结果做为下一个的起始点的。区别在于前者自己必须重新写电荷和多重度，后者不能自己再写电荷和多重度。
3、guess=read经常与上面两个连用，用来直接读取上一步的结果做为初始猜，可以加速计算。
4、没有搞过把一大堆任务放在一起的经验，怎么用gview看不同部分的结果不知道（纳闷了，谁会没事做这种事？）
5、我想不仅g09，其他版本应该都是一步做错了，后续的就没价值了。避免的办法就是根本不要用--link1--这类命令把本该分开一步步完成的工作放在一起。其他比如即使502不收敛也要继续做下去，可以用iop(5/13=1)等内部选项来调整。但不建议这样用，因为没有科研价值。
6、用高斯是搞科研的，把精力多放在结果分析、实验安排上，少在一些奇淫技巧上做手脚，下功夫。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2009-11-29 11:16:44
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★ ★ ★
xtdut(金币+2,VIP+0):谢谢王大哥的回复！我会努力学习linux的，真是太感谢您了！ 11-29 11:49
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-30 14:17
mkdir step1 step2 step3  step4
mv /somewhere/jobname.com step1   
cat job.list
#! /bin/bash

cd /somewhere/step1
g03 jobname.com
wait
cp jobname.chk jobname_step2.chk
mv jobname_step2.chk ../step2
cd ../step2
g03 jobname_step2.com
wait
# write your command here
# end of the file

nohup sh job.list & #提交作业，

当然在中间，你可以写其他的指令，比如判定Log文件有么有收敛， 不收敛的，如何从那一步开始restart计算！
你可以自己些脚本来处理！

你的所有的问题，几乎都可以通过脚本处理 让所有的 计算自动处理！

--link1--的方法，就是不能保留中间步骤的结果！

仔细看看 你想要的 都可以实现 就看你的水平了
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
3楼2009-11-29 11:45:23
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xtdut(金币+2,VIP+0):谢谢您的详细说明，我为自己的不当言辞向您及各位虫友道歉！ 11-30 10:16
erylingjet(金币+8,VIP+0):感谢交流 12-4 10:57
引用回帖:
Originally posted by xtdut at 2009-11-29 09:22:
在g09的用户手册和例子中经常看到是一个简单的分子（比如水、乙烷等）优化构型，接着计算单点能什么的。我的问题是：这两步计算是共用一个分子说明部分，还是第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分？如果 ...

您说高斯说明书没有说明您的问题，那小卒我就请您看看，高斯说明书是否真的像您所谓的那样，没有对您的问题进行说明？
引用回帖:
你的第一个问题是：

在g09的用户手册和例子中经常看到是一个简单的分子（比如水、乙烷等）优化构型，接着计算单点能什么的。我的问题是：这两步计算是共用一个分子说明部分，还是第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分？

好了我们先看看高斯说明书中关于link1的解释。在它的解释中，说明书中举得例子如下
引用回帖:
%Chk=freq
# HF/6-31G(d) Freq

Frequencies at STP

Molecule specification

--Link1--
%Chk=freq
%NoSave
# HF/6-31G(d) Geom=Check Guess=Read Freq=(ReadFC,ReadIsotopes)

Frequencies at 300 K
     
charge and spin
300.0  2.0
Isotope specifications

然后我们就要研究一下这个例子
在第二个任务的命令行中，有两个关键字Geom=Check Guess=Read。那么，我们来看一下这两个关键字代表什么

在高斯说明书中
guess关键字的read参数的解释如下
Requests that the initial guess be read from the checkpoint file (Guess=Read is often specified along with Geom=Checkpoint). This option may be combined with Alter, in which case the orbitals are read from the checkpoint file, projected onto the current basis set, and then the specified alterations are made. Checkpoint is a synonym for Read. The TCheck option says to attempt to read a guess from the checkpoint file, but to generate a new one if necessary.
geom关键字的check参数的解释如下：
Checkpoint（这个参数是check的全称）
Causes the molecule specification (including variables) to be taken from the checkpoint file. Only the charge and multiplicity are read from the input stream. For example, Geom=Checkpoint may be used by a later job step to retrieve the geometry optimized during an earlier job step from the checkpoint file. This action is safe since Gaussian will abort the job if an optimization fails, and consequently subsequent job steps which expect to use the optimized geometry will not be executed. May be combined with the ModRedundant option if you want to retrieve and alter the molecule specification in a checkpoint file using redundant internal coordinate-style modifications.
好了，到此为止，高斯说明书已经对您的第一个问题做出了明确回答：既不是“这两步计算是共用一个分子说明部分”，也不是“第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分”，而是在第二部计算的时候，从第一步计算得到的chk文件中读取分子构型。
引用回帖:
您的第二个问题是：

如果我想将第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分，第二步计算结果作为第三步的分子说明部分，第三步计算结果作为第四步计算的分子说明部分，并且每一步计算中的电荷数和自旋多重度要自己定义，每一步的计算结果都要写在输出文件中（也就是.log中）以方便最后使用gview查看结果，命令行应该如何写？

我们再来看看高斯说明书是否明确回答了这个问题：
仍然是参看geom关键字的check参数的解释。从这个解释中我们可以很容易的读出它的含义，只要使用了这个参数，那么每一次计算得到的chk文件都会被下一部计算所读取。那么您仍然按照高斯说明书中对link1举的例子，来写您的多步计算任务不就成了？难道还有别的疑问吗？
你所谓的规定不同的自旋多重度，也在高斯说明书中有明确定义。
geom关键字的checkpoint参数的解释中有很明确的一句话Only the charge and multiplicity are read from the input stream.在allcheck这个参数中也有很明确的一句话Causes the molecule specification (including variables), the charge and multiplicity, and the title section to be taken from the checkpoint file.
这样，答案已经很明确了。如果您使用的是check参数，那么电荷和自旋多重度，高斯请您自己输入。如果您使用allcheck参数，那么电荷和自旋多重度，高斯从上一步计算任务中读取。您看，还有比说明书更明确的回答吗？
引用回帖:
您的第三个问题：
听人说g09不稳定，这种连续计算要是中间某一步出错，整个计算就会终止，如何避免？

我还是从说明书的解释中来直接回答您的问题：
在高斯说明书中关于菜单Process Preferences的End Batch Run on Error这个选项的解释如下：
End Batch Run on Error: Toggles whether to halt batch processing when an error occurs, or to skip to the next job in the batch and keep going. (Default ON). Note: If this feature is active and an error occurs while processing a batch, the batch start entry value is set to the file that caused the error.
看完这句话，我还用多说什么？您的问题并不是高斯是否稳定的问题，而是您采用高斯默认参数的问题。为了解决您的问题，您把End Batch Run on Error这个选项勾掉就行了。还有比高斯说明书更明确的解答吗？
引用回帖:
您最后还发了一通感慨：
希望大家能够耐心点给出命令行的写法及注意事项，不要一个--link1--命令行就了事，其实这里面有很多说道及注意事项的，用户手册和例子中也没有明确地说明，需要大家给出自己的使用心得与经验，谢谢大家！

现在您回答小卒我：您现在觉得高斯说明书没有明确给出您的问题答案吗？事实上，高斯说明书是一个非常全面的高斯指南。事无巨细，面面俱到！我们都是做科学的，没有调查就没有发言权。高斯说明书对某某问题的解答就白纸黑字地写在那里，您却说高斯说明书没有说某某问题，您是不是太武断了些？更让我感觉不解的是：您希望网友们“耐心点给出命令行的写法及注意事项”之前，是不是自己应该耐心点读一读说明书呢？中国古语：“己所不欲勿施于人”，您自己不愿意耐心点读一读说明书，就不要怪罪网友们不愿意“耐心点给出命令行的写法及注意事项”了吧。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-30 at 14:12 ]
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4楼2009-11-29 12:41:28
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3867826

木虫 (著名写手)
★
xtdut(金币+1,VIP+0):谢谢您的回复！ 11-30 10:18
对于你说的机器空着的问题，我推荐你做一个连续计算的BCF文件 那个操作简单 且可行性高。
   但是
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拒稿，终于体会到了！乱写接受，认真写拒稿，这就是2和4的区别吗？
5楼2009-11-29 15:44:15
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caohuiming

铜虫 (初入文坛)
★
xtdut(金币+1,VIP+0):谢谢您的回复！ 11-30 10:19
要时时监控，发现不合适要kill掉程序，按楼主讲的算这末多步，每步之后还不用分析，我是没做过。
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6楼2009-11-29 16:20:51
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★ ★
xtdut(金币+2,VIP+0):谢谢您的回复！ 11-30 10:19
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 12-4 10:57
怕机器空着就写批处理啊。
前一段好多例子啊。好多人有回答。
看http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1690945&fpage=1
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
7楼2009-11-29 16:33:25
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2009-11-29 16:33:
怕机器空着就写批处理啊。
前一段好多例子啊。好多人有回答。
看http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1690945&fpage=1

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146 其实这个帖子的第一章第六节就是很全面的高斯批处理说明
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8楼2009-11-29 16:45:14
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 12-4 10:57
引用回帖:
Originally posted by caohuiming at 2009-11-29 16:20:
要时时监控，发现不合适要kill掉程序，按楼主讲的算这末多步，每步之后还不用分析，我是没做过。

我同意这个说法
不过我们的计算任务往往平行的
比如分别优化一个分子的单重态、叁重态和五重太的构型
那么三个opt放在一起做成批处理文件来先后计算，还是不错的哦
其实我也不建议把一堆任务放在一起进行
除非是平行任务

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-30 at 16:39 ]
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9楼2009-11-30 16:38:12
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