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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】用amber时如何手动附电荷
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myn

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用amber时如何手动附电荷

在gaussview里，选择MM/amber，然后在输入文件里手动加上电荷，可是为什么不能算呢？下面是输出文件
Missing atomic parameters for atom    16 IAtTyp=    20000000
Missing atomic parameters.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g03/g03/l101.exe
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1楼 2009-11-26 10:47:34
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
myn(金币+1):谢谢参与
myn(金币+5,VIP+0): 11-26 11:58
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 11-26 12:57
只能到原始文献和力场中找,
参考
http://ambermd.org/
J. Comp. Chem. 1981, 2, 287-303
J. Am. Chem. SOC. 1984, 106, 765-784
J. Comp. Chem. 1986, 7, 230-252
J. Am. Chem. SOC. 1995, 117, 5179-5197
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2楼2009-11-26 11:36:26
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myn

银虫 (小有名气)
我就是根据J. Am. Chem. SOC. 1995, 117, 5179-5197把每个原子都附上电荷了，是格式不对么？
%chk=A322.chk
%mem=1GB
%nproc=4
# opt oniom(rhf/6-31g(d,p):amber)

A322

1 1 1 1 1 1
C-CT--0.041400          0    0.000000    0.000000    0.000000 H
C-CM--0.001200          0    1.489583    0.000000    0.000000 H
N-N2--0.151300          0    2.228119    1.157960    0.000000 H
C-CM--0.114100          0    2.379995   -1.015986   -0.048725 H
C-CM--0.017000          0    3.513939    0.853682   -0.019818 H
N-N2--0.171800          0    3.630270   -0.458600   -0.041968 H
C-CT-0.056000           0    5.915434    4.295683    1.461118 H
C-CT-0.013600           0    4.641314    4.146836    0.570942 H
C-C-0.805400            0    4.899031    4.261968   -0.942596 H
O-O2--0.818800          0    4.885615    5.403184   -1.456693 H
O-O2--0.818800          0    5.079615    3.235210   -1.642851 H
C-C-0.589600            0   10.518800    1.724444   -0.126512 L
O-O--0.574800           0   10.234923    2.907508   -0.364621 L
C-CT-0.038100           0    8.923456    1.574519    1.693145 L H-HC     17
C-C-0.536600            0    9.434326    2.042811    3.023032 L
O--0.581900             0    8.952210    3.063462    3.536731 L
C-CT-0.038100           0    7.768955    0.565631    1.858989 H
C-C-0.799400            0    7.036071    0.341082    0.559245 H
O--0.801400             0    6.852809    1.347200   -0.166967 H
O-O2--0.801400          0    6.667240   -0.819193    0.221769 H
C-CT-0.056000           0    9.691784   -4.003725   -0.800830 L
C-CT-0.013600           0   10.684323   -3.265872   -1.639809 L H-H2     23
C-C-0.805400            0   10.022059   -2.118308   -2.387432 H
O-O2--0.818800          0   10.690475   -1.540790   -3.278827 H
O-O2--0.818800          0    8.827439   -1.853217   -2.098890 H
C-C-0.734100            0    9.716691   -8.320465   -6.027918 L
O-O--0.589400           0   10.540627   -7.491098   -6.378285 L
C-CT--0.009400          0    7.657028   -7.764152   -4.643947 L
C-CT-0.018700           0    8.259323   -6.582839   -3.882222 L
C-CT--0.047900          0    7.632505   -5.228191   -4.287046 L H-HP     31
请高手指点
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3楼2009-11-26 11:58:04
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):火眼金睛 11-26 12:57
O--0.581900             0    8.952210    3.063462    3.536731 L
O--0.801400             0    6.852809    1.347200   -0.166967 H
你的这两行没有写atom type
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4楼2009-11-26 12:18:06
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