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myn银虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】用amber时如何手动附电荷
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在gaussview里，选择MM/amber，然后在输入文件里手动加上电荷，可是为什么不能算呢？下面是输出文件 Missing atomic parameters for atom 16 IAtTyp= 20000000 Missing atomic parameters. Error termination via Lnk1e in /share/apps/g03/g03/l101.exe |
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bay__gulf
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刘苏州
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myn(金币+1):谢谢参与
myn(金币+5,VIP+0): 11-26 11:58
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 11-26 12:57
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myn(金币+5,VIP+0): 11-26 11:58
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 11-26 12:57
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只能到原始文献和力场中找, 参考 http://ambermd.org/ J. Comp. Chem. 1981, 2, 287-303 J. Am. Chem. SOC. 1984, 106, 765-784 J. Comp. Chem. 1986, 7, 230-252 J. Am. Chem. SOC. 1995, 117, 5179-5197 |
2楼2009-11-26 11:36:26
myn
银虫 (小有名气)
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我就是根据J. Am. Chem. SOC. 1995, 117, 5179-5197把每个原子都附上电荷了，是格式不对么？ %chk=A322.chk %mem=1GB %nproc=4 # opt oniom(rhf/6-31g(d,p):amber) A322 1 1 1 1 1 1 C-CT--0.041400 0 0.000000 0.000000 0.000000 H C-CM--0.001200 0 1.489583 0.000000 0.000000 H N-N2--0.151300 0 2.228119 1.157960 0.000000 H C-CM--0.114100 0 2.379995 -1.015986 -0.048725 H C-CM--0.017000 0 3.513939 0.853682 -0.019818 H N-N2--0.171800 0 3.630270 -0.458600 -0.041968 H C-CT-0.056000 0 5.915434 4.295683 1.461118 H C-CT-0.013600 0 4.641314 4.146836 0.570942 H C-C-0.805400 0 4.899031 4.261968 -0.942596 H O-O2--0.818800 0 4.885615 5.403184 -1.456693 H O-O2--0.818800 0 5.079615 3.235210 -1.642851 H C-C-0.589600 0 10.518800 1.724444 -0.126512 L O-O--0.574800 0 10.234923 2.907508 -0.364621 L C-CT-0.038100 0 8.923456 1.574519 1.693145 L H-HC 17 C-C-0.536600 0 9.434326 2.042811 3.023032 L O--0.581900 0 8.952210 3.063462 3.536731 L C-CT-0.038100 0 7.768955 0.565631 1.858989 H C-C-0.799400 0 7.036071 0.341082 0.559245 H O--0.801400 0 6.852809 1.347200 -0.166967 H O-O2--0.801400 0 6.667240 -0.819193 0.221769 H C-CT-0.056000 0 9.691784 -4.003725 -0.800830 L C-CT-0.013600 0 10.684323 -3.265872 -1.639809 L H-H2 23 C-C-0.805400 0 10.022059 -2.118308 -2.387432 H O-O2--0.818800 0 10.690475 -1.540790 -3.278827 H O-O2--0.818800 0 8.827439 -1.853217 -2.098890 H C-C-0.734100 0 9.716691 -8.320465 -6.027918 L O-O--0.589400 0 10.540627 -7.491098 -6.378285 L C-CT--0.009400 0 7.657028 -7.764152 -4.643947 L C-CT-0.018700 0 8.259323 -6.582839 -3.882222 L C-CT--0.047900 0 7.632505 -5.228191 -4.287046 L H-HP 31 请高手指点 |
3楼2009-11-26 11:58:04
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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