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clwg

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】关于amber与charmm做分子动力学模拟

对于amber与charmm做分子动力学模拟时我们是从pdb数据库中下载的数据，这就相当于知道蛋白的结构，那我们为什么还做分子动力学模拟？
还是我的理解有问题？
谢谢指教！！

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1楼 2009-11-26 08:11:03

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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-26 09:56

分子动力学模拟不仅仅是结构预测, 还包括性能, 机理之类的研究.

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2楼2009-11-26 09:51:01

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wally8962

木虫 (著名写手)

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 21:59

为什么做？
这是最重要地问题。

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3楼2009-11-26 17:01:14

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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
csfn(金币+5,VIP+0):谢谢积极参与交流，给予帮助 11-26 18:44

为什么做,为了研究它的性能, 机理.
我是做跨膜通道的, 结构做出来了只知道蛋白有个孔,
但水, 离子在其中的传输性能怎样, 开关怎样实现, 选择性怎样实现, 单向性怎样实现,
当条件变化时候, 这些性质能否改变, 为什么改变, 怎样改变,
当蛋白发生变异时候, 这些性质能否改变, 为什么改变, 怎样改变,
是否可以受体外的小分子影响, 怎样影响, 哪种小分子影响最大,
是否有影响更大的, 或是得到我们预期的性能的小分子,
能否根据这个蛋白的传输机理设计出性能更好的蛋白.
这都是确定结构之后面临的问题

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4楼2009-11-26 17:31:13

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