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【求助】关于amber与charmm做分子动力学模拟
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对于amber与charmm做分子动力学模拟时我们是从pdb数据库中下载的数据，这就相当于知道蛋白的结构，那我们为什么还做分子动力学模拟？ 还是我的理解有问题？ 谢谢指教！！ |
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2楼2009-11-26 09:51:01
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为什么做,为了研究它的性能, 机理. 我是做跨膜通道的, 结构做出来了只知道蛋白有个孔, 但水, 离子在其中的传输性能怎样, 开关怎样实现, 选择性怎样实现, 单向性怎样实现, 当条件变化时候, 这些性质能否改变, 为什么改变, 怎样改变, 当蛋白发生变异时候, 这些性质能否改变, 为什么改变, 怎样改变, 是否可以受体外的小分子影响, 怎样影响, 哪种小分子影响最大, 是否有影响更大的, 或是得到我们预期的性能的小分子, 能否根据这个蛋白的传输机理设计出性能更好的蛋白. 这都是确定结构之后面临的问题 |
4楼2009-11-26 17:31:13
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