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[交流] 分子胶:给蛋白质“牵线搭桥”的新一代药物

从一场“意外”说起
20 世纪 50 年代上市的沙利度胺,曾因严重的致畸副作用成为医药史上最著名的悲剧药物;但几十年后,它和它的“后代”来那度胺却摇身一变,成为治疗多发性骨髓瘤的重磅药物。科学家直到 2010 年代才弄清它们真正的作用方式:这些分子并不直接“攻击”任何蛋白,而是像一小滴胶水,把两个原本互不相干的蛋白质粘在一起——“分子胶”(Molecular Glue)由此得名,并成为当今靶向蛋白降解领域最炙手可热的概念之一。
什么是分子胶?
传统小分子药物的思路是“堵枪眼”:找到致病蛋白上的活性口袋,把小分子塞进去,抑制它的功能。问题在于,人体里大量致病蛋白(例如许多转录因子)表面光滑平整,根本没有可供结合的“口袋”,长期被贴上“不可成药”的标签。
分子胶换了一条路:它不去抑制蛋白,而是改变蛋白的“社交关系”——诱导两个原本不会结合的蛋白相遇,借助细胞自身的机制完成治疗。它是“事件驱动”而非“占据驱动”的:只需要促成一次相遇,剩下的交给细胞。
它是怎么起作用的?
目前最主流的一类分子胶叫分子胶降解剂,它劫持的是细胞里一套天然的“垃圾回收系统”——泛素-蛋白酶体系统。整个过程可以分成四步:
第一步:粘住“质检员”。细胞里有一种叫 E3 泛素连接酶的蛋白复合物,职责是给“该报废的蛋白”贴上泛素标签,好比垃圾回收站的质检员。分子胶先结合到 E3 上,并悄悄改变它表面的形状,“捏”出一个全新的结合界面。
第二步:钓来“新底物”。这个被重塑的界面,恰好能识别并结合一个本来与该 E3 毫不相干的蛋白——也就是我们想要清除的致病蛋白(称为“新底物”)。三者形成“E3–分子胶–靶蛋白”三元复合物。
第三步:贴上“销毁标签”。靶蛋白被拉到 E3 身边后,E3 把一串串泛素分子转移到它表面。多聚泛素链在细胞里就是明确的“销毁”信号。
第四步:送入“粉碎机”。细胞的蛋白酶体识别泛素标签,把靶蛋白彻底降解成碎片。
最精妙的是:分子胶自己不会被消耗。降解完一个靶蛋白,它脱身出来继续催化下一轮。这种“催化型”作用意味着很低的剂量就能持续清除致病蛋白——这正是它区别于传统抑制剂的核心优势。

图 1  分子胶降解剂的作用机理示意图
分子胶 vs. PROTAC:殊途同归的两兄弟
分子胶常被拿来和另一项明星技术 PROTAC 比较。二者都能诱导蛋白降解,但路线不同:

简单说:PROTAC 像一条两端带钩子的绳子,按图索骥;分子胶像一小滴化学胶水,精巧却难以设计。
为什么这么难找?AI 能帮上什么忙?
分子胶的最大瓶颈是发现难:它创造的蛋白界面在自然界原本不存在,无法从已知结构推演;它对单个蛋白的亲和力可能弱到测不出,只有三者同时在场才“显灵”;而且分子上细微的改动就会彻底改变它降解的对象,脱靶风险高。目前已知的分子胶,几乎都是“先发现药效、后搞清机制”的意外之喜。
这正是 AI 制药(AIDD)跃跃欲试的战场:
•配对预测:扫描人体约 600 种 E3 连接酶与疾病靶点,预测哪些“组合”存在可成胶的界面;
•三元复合物建模:用 AlphaFold3 类结构预测和分子动力学模拟,虚拟搭建“E3–胶–靶蛋白”复合物,评估可行性;
•生成式化学设计:以来那度胺等已知骨架为起点,用生成模型改造出能诱导新底物降解的新分子;
•降解谱预测:用大规模蛋白组学数据训练模型,预测一个分子“会误伤哪些蛋白”,提前规避毒性。
行业里的共识是:算法正在趋同,真正的护城河是专有的、大规模的蛋白降解数据。因此领先公司普遍采用“AI 预测 → 高通量实验验证 → 数据回流训练模型”的闭环打法。
现状与展望
除了已上市的来那度胺等药物,全球已有多款分子胶进入临床,主要集中在肿瘤领域;近两年的大额药企合作(如诺华、礼来、吉利德的相关交易)也把这个赛道推向免疫炎症等更广阔的疾病领域。科学家们还在探索非降解型分子胶——用“胶水”稳定或增强有益的蛋白相互作用,治疗方向从“拆”扩展到“补”。
回望历史,分子胶的故事颇具戏剧性:一类偶然被发现的老药,揭示了一种全新的药物作用范式。而今天的研究者正试图把这份“运气”变成“工程”——用 AI 和高通量实验,系统性地设计出下一个分子胶。谁能率先把“偶然”变成“必然”,谁就可能打开数以百计“不可成药”靶点的大门。

分子胶:给蛋白质“牵线搭桥”的新一代药物
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