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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】求问Gaussian freq 消除虚频
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taliayoung

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求问Gaussian freq 消除虚频

Freq后有一个虚频
根据之前的决定将坐标加上去之后再优化
于是找到
Standard orientation
然后加好

问题来了。。。

如何把它再变成一个gjf文件？原out经这么一编辑gv已经打不开了。。。

相加后的结果如下。。。泪奔

求指点。。。。

                         Standard orientation:                           
---------------------------------------------------------------------   
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)      
Number     Number      Type              X           Y           Z      
---------------------------------------------------------------------   
    1          6             0       2.264997    -0.707212   -0.20012   
    2          6             0       3.284267    0.230261    -0.056519   
    3          6             0       3.026932    1.607112    -0.12051   
    4          6             0       1.71273     2.022409    -0.326298   
    5          6             0       0.680452    1.100295    -0.472283   
    6          6             0       0.958247    -0.279572   -0.413927   
    7          1             0       3.820701    2.3234      -0.006284   
    8          1             0       1.489482    3.078098    -0.377298   
    9          1             0       -0.343876   1.426789    -0.641873   
   10          6             0       4.684147    -0.245274   0.222428   
   11          9             0       4.90972     -0.410242   1.561858   
   12          9             0       5.628681    0.624829    -0.207385   
   13          9             0       4.962104    -1.437499   -0.360446   
   14          1             0       2.479598    -1.764716   -0.164352   
   15          8             0       0.002096    -1.217434   -0.541444   
   16          1             0       -0.883342   -0.813254   -0.668339   
   17          1             0       -6.609826   0.955001    0.044659   
   18          6             0       -5.815635   1.422795    0.648711   
   19          8             0       -4.512368   1.165004    0.079316   
   20          1             0       -5.87314    1.066273    1.678924   
   21          1             0       -5.942856   2.503522    0.639321   
   22         15             0       -3.82185    -0.312395   -0.075698   
   23          8             0       -2.49031    -0.174016   -0.753375   
   24          6             0       -5.009059   -1.339769   -1.004205   
   25          6             0       -3.70193    -0.984136   1.614445   
   26          1             0       -4.589774   -2.352283   -1.112168   
   27          1             0       -5.991389   -1.409809   -0.511455   
   28          1             0       -5.131167   -0.913011   -2.002016   
   29          1             0       -3.235266   -1.979046   1.556576   
   30          1             0       -3.048728   -0.327944   2.214626   
   31          1             0       -4.683444   -1.07078    2.102589   
---------------------------------------------------------------------
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1楼 2009-11-20 16:52:29
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taliayoung

新虫 (初入文坛)
2楼2009-11-20 17:02:51
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taliayoung

新虫 (初入文坛)

help

3楼2009-11-20 17:03:38
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gonemrc

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-21 12:30
你可以这样：直接把这个复制到一个文本文档中，然后用origin导进来，把2，3列删除。然后剩余的列复制，你随便用Gaussian打开一个gjf文件，然后把刚才这个复制的东西替换这里面的原来的坐标部分，然后Save job as……

  另外问一下，你坐标相加时不会是一个个手动加的吧？
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4楼2009-11-20 17:28:49
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cxyuan09

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):现在确实有些人一离开GV就不知道如何创建输入文件了 11-21 12:30
把第一列的原子编号和第三列的0都删掉作为，
剩下的内容作为输入坐标就行了
别告诉大家说你离开了GV就不会创件输入文件了。
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5楼2009-11-20 17:57:39
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3867826

木虫 (著名写手)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-21 12:31
列编辑器 把虚频的坐标  +到原始坐标去 再优化。就可以消虚
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拒稿，终于体会到了！乱写接受，认真写拒稿，这就是2和4的区别吗？
6楼2009-11-20 18:54:10
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 12-1 09:22
cut  paste 可以搞定.....
linux指令
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
7楼2009-11-20 20:05:52
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-21 12:31
难道大家还都停留在gview3.0的时代么？随便网上下一个gview4.0啊。
打开相应的log文件，查看频率，选择虚频，在窗口最下方那个
Manual Displacement选项选中它，用鼠标拖动或者在右面文本框输入数字，
一般在-0.5-0.5之间，我通常喜欢写0.2，然后点击Save Structure，
就出来带新坐标的图了。存盘，计算，多数情况下虚频就没了。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
8楼2009-11-20 20:18:25
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zpppanda111

金虫 (小有名气)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-22 21:10
要消除虚频，一个很重要的方法就是改变初始结构
你可以这样计算，先用简单的方法计算，短时间内可以看出你调整后的结构是否合适，比如用hyperchem粗略算，没有虚频，然后转到高斯下计算。
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9楼2009-11-22 10:02:35
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superfan

至尊木虫 (著名写手)

耕耘者
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 12-1 09:23
可以用ultraedit选择列模式，去除几列！
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10楼2009-11-30 22:24:22
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