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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 【求助】蛋白质结合口袋的体积计算
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】蛋白质结合口袋的体积计算

求教：
   用Gromacs做MD simulation时，ligand bonding pocket 的大小会发生变化，怎么求算一下结合口袋的体积变化？小分子的体积变化能反映结合口袋的变化么？
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似水年华
1楼 2009-11-20 16:21:36
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-21 15:14:
计算分子体积有多种方法, 可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-19555-1-1.html
我没有做过你的体系, 不清楚口袋的具体形式.
Hole 这个小软件可以测量空腔的体系, Mol_Volume 的代码中使用了一种小 ...

您好，Hole软件能不能给我传个，它的网站好像登陆不了了。我的邮箱
wangjinhu223@163.com
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似水年华
5楼2009-11-21 17:28:15
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lifei_dut

金虫 (小有名气)
★ ★
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:04
有文献报道GRASP可以计算体积，不过我没有找到程序，楼主可以试试看。
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2楼2009-11-20 20:44:21
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lifei_dut at 2009-11-20 20:44:
有文献报道GRASP可以计算体积，不过我没有找到程序，楼主可以试试看。

GRASP这个软件免费么？现在关键的问题是我不知道结合口袋怎么界定，多大范围的算是呢？
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似水年华
3楼2009-11-21 11:31:22
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-21 15:43
计算分子体积有多种方法, 可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-19555-1-1.html
我没有做过你的体系, 不清楚口袋的具体形式.
Hole 这个小软件可以测量空腔的体系, Mol_Volume 的代码中使用了一种小巧的算法, 修改之后可能能够实现你的要求.
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-11-21 15:14:18
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