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sijifengsd银虫 (小有名气)
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【求助】蛋白质结合口袋的体积计算
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求教： 用Gromacs做MD simulation时，ligand bonding pocket 的大小会发生变化，怎么求算一下结合口袋的体积变化？小分子的体积变化能反映结合口袋的变化么？ |
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bay__gulf
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刘苏州
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sijifengsd(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-21 15:43
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-21 15:43
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计算分子体积有多种方法, 可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-19555-1-1.html 我没有做过你的体系, 不清楚口袋的具体形式. Hole 这个小软件可以测量空腔的体系, Mol_Volume 的代码中使用了一种小巧的算法, 修改之后可能能够实现你的要求. |
4楼2009-11-21 15:14:18
lifei_dut
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2楼2009-11-20 20:44:21
sijifengsd
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3楼2009-11-21 11:31:22
sijifengsd
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5楼2009-11-21 17:28:15