应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 【求助】蛋白质结合口袋的体积计算
51/1返回列表
查看: 2188  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】蛋白质结合口袋的体积计算

求教：
   用Gromacs做MD simulation时，ligand bonding pocket 的大小会发生变化，怎么求算一下结合口袋的体积变化？小分子的体积变化能反映结合口袋的变化么？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
似水年华
1楼 2009-11-20 16:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-21 15:43
计算分子体积有多种方法, 可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-19555-1-1.html
我没有做过你的体系, 不清楚口袋的具体形式.
Hole 这个小软件可以测量空腔的体系, Mol_Volume 的代码中使用了一种小巧的算法, 修改之后可能能够实现你的要求.
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-11-21 15:14:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

lifei_dut

金虫 (小有名气)
★ ★
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:04
有文献报道GRASP可以计算体积，不过我没有找到程序，楼主可以试试看。
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-11-20 20:44:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lifei_dut at 2009-11-20 20:44:
有文献报道GRASP可以计算体积，不过我没有找到程序，楼主可以试试看。

GRASP这个软件免费么？现在关键的问题是我不知道结合口袋怎么界定，多大范围的算是呢？
赞一下 回复此楼
似水年华
3楼2009-11-21 11:31:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-21 15:14:
计算分子体积有多种方法, 可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-19555-1-1.html
我没有做过你的体系, 不清楚口袋的具体形式.
Hole 这个小软件可以测量空腔的体系, Mol_Volume 的代码中使用了一种小 ...

您好，Hole软件能不能给我传个，它的网站好像登陆不了了。我的邮箱
wangjinhu223@163.com
赞一下 回复此楼
似水年华
5楼2009-11-21 17:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭