| 查看: 2150 | 回复: 7 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
sijifengsd银虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】蛋白质结合口袋的体积计算
|
||
|
求教： 用Gromacs做MD simulation时，ligand bonding pocket 的大小会发生变化，怎么求算一下结合口袋的体积变化？小分子的体积变化能反映结合口袋的变化么？ |
回复此楼» 猜你喜欢
人气不行了
已经有7人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有18人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有12人回复
-
看来今天不会放榜了？
已经有5人回复
-
我面上完蛋了
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有25人回复
-
什么时候开奖？
已经有7人回复
-
时间戳又变了
已经有18人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有27人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有16人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-21 15:43
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-21 15:43
|
计算分子体积有多种方法, 可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-19555-1-1.html 我没有做过你的体系, 不清楚口袋的具体形式. Hole 这个小软件可以测量空腔的体系, Mol_Volume 的代码中使用了一种小巧的算法, 修改之后可能能够实现你的要求. |
4楼2009-11-21 15:14:18
lifei_dut
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1254.7
- 散金: 3
- 帖子: 180
- 在线: 48.5小时
- 虫号: 527008
- 注册: 2008-03-17
- 专业: 化学环境污染与健康
2楼2009-11-20 20:44:21
sijifengsd
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 273.7
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 94
- 在线: 12.1小时
- 虫号: 794988
- 注册: 2009-06-15
- 性别: GG
- 专业: 物理化学
3楼2009-11-21 11:31:22
sijifengsd
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 273.7
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 94
- 在线: 12.1小时
- 虫号: 794988
- 注册: 2009-06-15
- 性别: GG
- 专业: 物理化学
5楼2009-11-21 17:28:15
40