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sijifengsd银虫 (小有名气)
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【求助】蛋白质结合口袋的体积计算
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求教： 用Gromacs做MD simulation时，ligand bonding pocket 的大小会发生变化，怎么求算一下结合口袋的体积变化？小分子的体积变化能反映结合口袋的变化么？ |
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2楼2009-11-20 20:44:21
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计算分子体积有多种方法, 可以参考 http://www.mdbbs.org/thread-19555-1-1.html 我没有做过你的体系, 不清楚口袋的具体形式. Hole 这个小软件可以测量空腔的体系, Mol_Volume 的代码中使用了一种小巧的算法, 修改之后可能能够实现你的要求. |
4楼2009-11-21 15:14:18
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7楼2009-11-22 09:18:03
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有款 Chimera, 用它计算体积面积的较多. http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ Mol_Volume 中有一种使用探针测量体积的算法, 修改后一定可以实现, Hole 那个通常用来测量通道体积, 没见过测量空腔的. tutorial 找不到就算了 |
8楼2009-11-22 12:26:51