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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 降解速度计算， Vmax？
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xplc

金虫 (小有名气)

[交流] 降解速度计算， Vmax？

最近在做微生物降解实验，意欲计算微生物对于底物的降解速率。
开始的计划是根据最初的线性区域计算其斜率，以此作为降解速率Vmax。
结果得到以下系列数据，实在不知如何计算这个降解速率（尤其是20倍稀释的样品，看起来整个曲线都不是线性），恳请各路大侠出手相助，指条明路！
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1楼 2009-11-20 14:11:20
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xplc

金虫 (小有名气)
2楼2009-11-21 00:56:37
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dmfang

荣誉版主 (正式写手)
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1949stone(金币+3,VIP+0):谢谢交流 11-21 11:03
引用回帖:
Originally posted by xplc at 2009-11-20 14:11:
最近在做微生物降解实验，意欲计算微生物对于底物的降解速率。
开始的计划是根据最初的线性区域计算其斜率，以此作为降解速率Vmax。
结果得到以下系列数据，实在不知如何计算这个降解速率（尤其是20倍稀释的样品 ...

应LZ站内消息求助。见Origin8.0附件。
线性拟合步骤如下：
1. 先画1-10组和1-20组的散点（Scatter）图Graph1和Graph2，
然后在Analysis|Fitting|Fit Linear|Open Dialog...，将“Fit Options”下的“Apparent Fit”后的可选方框打上勾号。然后按照默认。线性拟合后会在页面左侧栏出现Table1（对应Graph1）和Table2（对应Graph2）。
在Table中，“Intercept”表示与Y轴相交的Y坐标，就是y=a+b*x的截距a，而 “Slope”就是斜率b，也就是你所要的降解速率。

方东明
北京大学微电子学研究院

[ Last edited by dmfang on 2009-11-21 at 11:09 ]
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3楼2009-11-21 10:57:14
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xplc

金虫 (小有名气)
看到了方东明先生的数据拟合，貌似就是常规的linear fit。如此得到的R 平方值很小；这也是为什么我发帖求助的原因：我希望得到一个最初的斜率，因为随着时间推移，斜率一直在减少的。

哪位大侠再支招？

谢了
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4楼2009-11-24 03:08:46
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

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amisking(金币+2,VIP+0): 11-26 08:41
amisking(金币+10,VIP+0):代楼主奖励 12-1 08:15
一般降解动力学不是线性的。
V＝Vmax*S/（Km+S）

如果您的数据里，0-2.5是底物浓度，可以用1/V和1/S作图。截距是1/Vmax，斜率是-Km/Vmax

1-10那组数据线性度不好，R2＝0.7042
1-20那组，R2＝0.8713
Vmax＝0.4095
Km＝0.20647
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5楼2009-11-24 08:47:52
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xplc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by marineman at 2009-11-24 08:47:
一般降解动力学不是线性的。
V＝Vmax*S/（Km+S）

如果您的数据里，0-2.5是底物浓度，可以用1/V和1/S作图。截距是1/Vmax，斜率是-Km/Vmax

1-10那组数据线性度不好，R2＝0.7042
1-20那组，R2＝0.8713
Vmax ...

多谢marineman 热心回复。

实际上表格中所列是底物浓度随时间的变化曲线，0-2.5是取样时间。就是说我手头有不同时间的S浓度。
按照 delta S /delta time 得出不同时间段的V之后，我试图采用 1/V和1/S作图，结果看起来比较诡异。

能否麻烦marineman帮忙看下。

谢了先
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6楼2009-11-25 01:46:38
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活
怎么个怪异法？
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7楼2009-11-26 08:33:12
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活
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引用回帖:
Originally posted by xplc at 2009-11-25 01:46:


多谢marineman 热心回复。

实际上表格中所列是底物浓度随时间的变化曲线，0-2.5是取样时间。就是说我手头有不同时间的S浓度。
按照 delta S /delta time 得出不同时间段的V之后，我试图采用 1/V和1/S作图 ...

你应该了解一下机理，这样才能明白整个计算过程。

第一组数据R2大于0.9
第二组数据R2大于0.7
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8楼2009-11-26 10:29:30
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xplc

金虫 (小有名气)
愿闻其详：怎么个机理法？请明示。

是如您先前所说：
V＝Vmax*S/（Km+S）
plot 1/s verse 1/V 么？

还是有什么别的玄机？

BTW， 您所上传的数据好像有点移位了，
如果我没理解错的话，数据应该如下图：

根本就谈不上线性，这也是我为啥先前说数据怪异了
引用回帖:
Originally posted by marineman at 2009-11-26 10:29:


你应该了解一下机理，这样才能明白整个计算过程。
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9楼2009-11-30 08:16:23
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
首先您要了解线性，不是R2〉0.999才是线性。

线性不好的原因，一个是数据点少，还有一个原因是数据的偏差。
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10楼2009-11-30 11:42:27
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