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xplc

金虫 (小有名气)

[交流] 降解速度计算, Vmax?

最近在做微生物降解实验,意欲计算微生物对于底物的降解速率。
开始的计划是根据最初的线性区域计算其斜率,以此作为降解速率Vmax。
结果得到以下系列数据,实在不知如何计算这个降解速率(尤其是20倍稀释的样品,看起来整个曲线都不是线性),恳请各路大侠出手相助,指条明路!
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xplc

金虫 (小有名气)

2楼2009-11-21 00:56:37
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dmfang

荣誉版主 (正式写手)

★ ★ ★ ★
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1949stone(金币+3,VIP+0):谢谢交流 11-21 11:03
引用回帖:
Originally posted by xplc at 2009-11-20 14:11:
最近在做微生物降解实验,意欲计算微生物对于底物的降解速率。
开始的计划是根据最初的线性区域计算其斜率,以此作为降解速率Vmax。
结果得到以下系列数据,实在不知如何计算这个降解速率(尤其是20倍稀释的样品 ...

应LZ站内消息求助。见Origin8.0附件。
线性拟合步骤如下:
1. 先画1-10组和1-20组的散点(Scatter)图Graph1和Graph2,
然后在Analysis|Fitting|Fit Linear|Open Dialog...,将“Fit Options”下的“Apparent Fit”后的可选方框打上勾号。然后按照默认。线性拟合后会在页面左侧栏出现Table1(对应Graph1)和Table2(对应Graph2)。
在Table中,“Intercept”表示与Y轴相交的Y坐标,就是y=a+b*x的截距a,而 “Slope”就是斜率b,也就是你所要的降解速率。

方东明
北京大学微电子学研究院

[ Last edited by dmfang on 2009-11-21 at 11:09 ]
3楼2009-11-21 10:57:14
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xplc

金虫 (小有名气)

看到了方东明先生的数据拟合,貌似就是常规的linear fit。如此得到的R 平方值很小;这也是为什么我发帖求助的原因:我希望得到一个最初的斜率,因为随着时间推移,斜率一直在减少的。

哪位大侠再支招?

谢了
4楼2009-11-24 03:08:46
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活

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amisking(金币+2,VIP+0): 11-26 08:41
amisking(金币+10,VIP+0):代楼主奖励 12-1 08:15
一般降解动力学不是线性的。
V=Vmax*S/(Km+S)

如果您的数据里,0-2.5是底物浓度,可以用1/V和1/S作图。截距是1/Vmax,斜率是-Km/Vmax

1-10那组数据线性度不好,R2=0.7042
1-20那组,R2=0.8713
Vmax=0.4095
Km=0.20647
5楼2009-11-24 08:47:52
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xplc

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by marineman at 2009-11-24 08:47:
一般降解动力学不是线性的。
V=Vmax*S/(Km+S)

如果您的数据里,0-2.5是底物浓度,可以用1/V和1/S作图。截距是1/Vmax,斜率是-Km/Vmax

1-10那组数据线性度不好,R2=0.7042
1-20那组,R2=0.8713
Vmax ...

多谢marineman 热心回复。

实际上表格中所列是底物浓度随时间的变化曲线,0-2.5是取样时间。就是说我手头有不同时间的S浓度。
按照 delta S /delta time 得出不同时间段的V之后,我试图采用 1/V和1/S作图,结果看起来比较诡异。

能否麻烦marineman帮忙看下。

谢了先
6楼2009-11-25 01:46:38
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活

怎么个怪异法?
7楼2009-11-26 08:33:12
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活


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引用回帖:
Originally posted by xplc at 2009-11-25 01:46:


多谢marineman 热心回复。

实际上表格中所列是底物浓度随时间的变化曲线,0-2.5是取样时间。就是说我手头有不同时间的S浓度。
按照 delta S /delta time 得出不同时间段的V之后,我试图采用 1/V和1/S作图 ...

你应该了解一下机理,这样才能明白整个计算过程。

第一组数据R2大于0.9
第二组数据R2大于0.7
8楼2009-11-26 10:29:30
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xplc

金虫 (小有名气)

愿闻其详:怎么个机理法?请明示。

是如您先前所说:
V=Vmax*S/(Km+S)
plot 1/s verse 1/V 么?

还是有什么别的玄机?

BTW, 您所上传的数据好像有点移位了,
如果我没理解错的话,数据应该如下图:

根本就谈不上线性,这也是我为啥先前说数据怪异了
引用回帖:
Originally posted by marineman at 2009-11-26 10:29:


你应该了解一下机理,这样才能明白整个计算过程。


9楼2009-11-30 08:16:23
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marineman

至尊木虫 (知名作家)

爱八卦爱生活


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首先您要了解线性,不是R2〉0.999才是线性。

线性不好的原因,一个是数据点少,还有一个原因是数据的偏差。
10楼2009-11-30 11:42:27
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