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cory0931

至尊木虫 (文坛精英)

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[交流] 如何快速、批量挖掘高活性生物酶挖酶、生物酶挖掘、挖酶教学、批量挖掘、高质量

主要是提供思路，附带部分衍生阅读资料（本人已发表于其他平台）
1. 既然是快速，那自然不能是手动一个一个来，得用要专业的分析方和和技术平台；
2. 既然是要批量，那必然会涉及到如何获取高质量的靶标物质库（比如蛋白序列库、核酸序列库）；
3. 高活性，那自然少不了批量的活性预测分析；
4. 生物酶，那必然是要进行酶功能、种类的精准预测；

那么，高质量的数据从哪里来？
1. 自有资源，包括自有菌株--已经明确其具有较高的特定功能酶活性 -- 拿到全基因组、或全蛋白组、或转录组测序数据；
2. 自由测序库，这个更容易实现——比如从油污积聚、降解油污的环境中收集样本，三代测序，拿到序列库，这其中大概率是会有对应的解油污高活性酶存在；
3. 在线库直接挖掘，这个有一定的技术门槛；其前提是获取到大量的，潜在的靶标序列，再从里面进行层层筛选、挖掘；包括但不限于
1）序列层面的筛选；
2）理化特性层面筛选；
3）结构层面的筛选；
# 注意，这其中的每一步，都是批量实现的，单个操作只适用于对明确功能酶分子的精细优化、以及少量靶标的精细筛选；

怎么挖掘？
1. 必然是要对靶标酶，有一个深刻的认识，其具体功能、理化特性、结构特征、分子动力特征等；
2. 挖掘，则是基于对靶标酶的有限认知，进行举一反三的批量发现；

其他 —— 一些别家网站的延申阅读资源；
signalp6 分泌信号肽预测——全基因组级、宏基因组级分泌表达预测
Foldseek本地部署详细教程-- cpu 模式参考
deeploc 2.1 大批量蛋白亚细胞定位分析，适合三代测序级数据、真菌全菌数据的分析
CataPro本地安装--CPU模式（cpu mode）-- 经验资料整理
CLEAN蛋白酶功能预测工具介绍目前最精准的酶功能预测工具

全基因组蛋白分泌表达预测与优化 -- 策略-附流程图
原核生物表达异源蛋白--最佳分泌信号肽筛选策略--思路来自2018年的文献
真核生物异源蛋白高效分泌表达策略--分泌信号肽优化方案
三代测序之-- - 挖掘特定功能基因--pacbio测序数据挖掘--纳米孔测序、GenoCare等 -- 功能蛋白碗蕨功能酶挖掘方案

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