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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 扩增效率低是什么原因造成的呢？
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刘仕博

金虫 (著名写手)

[交流] 扩增效率低是什么原因造成的呢？

各位大侠，我才开始接触real time-PCR这个让人头痛的实验。
之前找了几个引物，还算顺利。不过最近又新找了几个引物，在primer test的时候发现扩增效率很低，也就60%到80%，而且溶解曲线也不是很好，最后的两条几乎是贴在一起的。我不知道是什么原因会导致扩增效率这么低，引物设计的不对还是操作问题呢？
还有扩增效率和溶解曲线有关系吗？
先谢啦!
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生命在于折腾~
1楼 2009-11-16 11:05:58
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haidiguyue

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+0,VIP+0):解决问题的沙发才是好沙发 以后不要了啊 11-16 12:09
既然抢沙发有红包我就不客气了！


先沙一发！
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2楼2009-11-16 11:45:58
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haidiguyue

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+2,VIP+0):谢谢交流 11-16 12:09
楼主的问题估计是引物设计的问题！



建议重新设计引物，并不是每一对引物都有100％的扩增效率的，


曲线的峰值反映了扩增产物最终地总量！

这实验就是需要耐心，细心！

有没有引物二聚体？同时考虑PCR程序优化！
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3楼2009-11-16 11:51:16
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hyde0706

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
实时的条件需要优化吧，引物是很关键的，还有程序。
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4楼2009-11-16 16:00:13
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刘仕博

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by haidiguyue at 2009-11-16 11:51:
楼主的问题估计是引物设计的问题！



建议重新设计引物，并不是每一对引物都有100％的扩增效率的，


曲线的峰值反映了扩增产物最终地总量！

这实验就是需要耐心，细心！

有没有引物二聚体？同时考 ...

先谢啦！
刚才我又重新看了下引物，发现还真的就是二聚体造成的，不知道当初自己是怎么找的。。。现在正在重新找呢。
不过又发现了一个问题，有的引物没有二聚体，溶度曲线也很好，就是扩增效率低。但我找不到更好的引物了，可以就用那个吗？因为那个链实在是太短了。
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生命在于折腾~
5楼2009-11-16 16:35:48
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刘仕博

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hyde0706 at 2009-11-16 16:00:
实时的条件需要优化吧，引物是很关键的，还有程序。

是引物找的不对。
我们找引物的时候把稳定定到60度，然后我实验室那帮高丽棒子也就一天拿60度做，我想换他们还不高兴。拿那帮棒子没有办法，谁让咱是后辈呀，还在人家的地盘上~
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生命在于折腾~
6楼2009-11-16 16:39:20
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