应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » surflex对接前配体要加电荷吗？
91/1返回列表
查看: 963  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] surflex对接前配体要加电荷吗？

surflex对接前配体要加电荷吗？ 加那种电荷合适呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:51 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-11-15 11:28:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-19 13:34
对接前配体必须要加电荷，GM就可以。对接前配体必须要加电荷，GM就可以。
赞一下(10人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2009-11-16 15:27:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 15:01
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-11-16 15:27:
对接前配体必须要加电荷，GM就可以。对接前配体必须要加电荷，GM就可以。

我后来咨询了一下sybyl的人员，她说不用加。但是要把原子类型弄对了。原子类型，挺不好判断的。 比如说， c.co2 应用的情形等等。

我都是用很笨的方法，遇到判断不好的原子类型时候，我就在sybyl中画出该分子，然后看他的原子的类型。

问一下： sybyl画出来的分子，原子类型就都正确吧？ 这样每次由sd导入分子，或者检查蛋白复合物配体的时候，就照着，sybyl画出来的该，对吧。
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-11-16 22:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 15:01
sybyl中surflex对接不用自己加电荷，只要原子类型对了，软件自己会推算的，这就是商业软件的好处。
赞一下(11人) 回复此楼
分享=快乐 交流=进步
4楼2009-11-16 23:12:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 15:01
引用回帖:
Originally posted by zuoyinglin at 2009-11-16 23:12:
sybyl中surflex对接不用自己加电荷，只要原子类型对了，软件自己会推算的，这就是商业软件的好处。

surflex对接后的分子直接进行comfa研究，可是对接后的分子没有电荷，还得重新加，才能comfa。

对接看上去很好，得分也不错，大约在5--7 左右。可是用他们的最高得分进行comfa的结果怎么不好呢，是不是还要挑选构想。 不一定就是得分最高的叠合的就好。

有经验的朋友，介绍一下吧。
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2009-11-17 01:33:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-19 13:35
我认为如果分子的formal charge不是零的话还是要自己加的吧,虽然我做过比较,对接前加不加电荷对对接得分没什么影响,但构象和位置上有没影响就不可知了.
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-11-18 12:31:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 21:43
对接的时候不用加电荷吧，因为在对接时就自动有formal charge一项，在那里面选上一项
赞一下(11人) 回复此楼
7楼2009-11-30 11:41:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)
好的 谢谢
回复此楼
8楼2009-12-30 20:15:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ostril

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-6 10:55
我觉得还是加上保险，又不麻烦，我记得sybyl的技术支持也说加的，加的是GH电荷。
省的你后面对接出问题又回头来找电荷的原因。
赞一下(10人) 回复此楼
9楼2010-01-05 22:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bbslover 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-11 04:54 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:40 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:32 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:01 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:13 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:02 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 00:59 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:45 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:12 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容 +4 yexuqing 2026-11-04 6/300 2026-11-10 11:13 by susizheng
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 01:29 by FChKX8meu1ds
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭