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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] surflex对接前配体要加电荷吗？

surflex对接前配体要加电荷吗？ 加那种电荷合适呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:51 ]
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1楼 2009-11-15 11:28:07
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-19 13:34
对接前配体必须要加电荷，GM就可以。对接前配体必须要加电荷，GM就可以。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2009-11-16 15:27:10
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bbslover

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 15:01
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-11-16 15:27:
对接前配体必须要加电荷，GM就可以。对接前配体必须要加电荷，GM就可以。

我后来咨询了一下sybyl的人员，她说不用加。但是要把原子类型弄对了。原子类型，挺不好判断的。 比如说， c.co2 应用的情形等等。

我都是用很笨的方法，遇到判断不好的原子类型时候，我就在sybyl中画出该分子，然后看他的原子的类型。

问一下： sybyl画出来的分子，原子类型就都正确吧？ 这样每次由sd导入分子，或者检查蛋白复合物配体的时候，就照着，sybyl画出来的该，对吧。
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3楼2009-11-16 22:12:33
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 15:01
sybyl中surflex对接不用自己加电荷，只要原子类型对了，软件自己会推算的，这就是商业软件的好处。
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分享=快乐 交流=进步
4楼2009-11-16 23:12:31
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bbslover

金虫 (正式写手)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 11-17 15:01
引用回帖:
Originally posted by zuoyinglin at 2009-11-16 23:12:
sybyl中surflex对接不用自己加电荷，只要原子类型对了，软件自己会推算的，这就是商业软件的好处。

surflex对接后的分子直接进行comfa研究，可是对接后的分子没有电荷，还得重新加，才能comfa。

对接看上去很好，得分也不错，大约在5--7 左右。可是用他们的最高得分进行comfa的结果怎么不好呢，是不是还要挑选构想。 不一定就是得分最高的叠合的就好。

有经验的朋友，介绍一下吧。
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5楼2009-11-17 01:33:54
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-19 13:35
我认为如果分子的formal charge不是零的话还是要自己加的吧,虽然我做过比较,对接前加不加电荷对对接得分没什么影响,但构象和位置上有没影响就不可知了.
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6楼2009-11-18 12:31:05
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tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 21:43
对接的时候不用加电荷吧，因为在对接时就自动有formal charge一项，在那里面选上一项
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7楼2009-11-30 11:41:54
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bbslover

金虫 (正式写手)
好的 谢谢
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8楼2009-12-30 20:15:00
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ostril

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-6 10:55
我觉得还是加上保险，又不麻烦，我记得sybyl的技术支持也说加的，加的是GH电荷。
省的你后面对接出问题又回头来找电荷的原因。
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9楼2010-01-05 22:49:48
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