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dengyyqust

铁虫 (小有名气)

[交流] 求助计算π...π堆积距离

各位大侠,我的晶体结构中有双键与吡啶环是相互平行的,存在π...π堆积作用,请问如何精确计算出它们之间的间距(堆积距离),多谢了!
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pop-popy

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
dengyyqust(金币+2):谢谢参与
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 11-11 17:34
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-18 09:27
π...π堆积作用有面对面(face-to-face)和错位面对面(offset faxe-to-face)两种,如果是前面一种,则可以用楼上两位方法计算,后面一种还是在xp里计算为好。方法就是mpln Cn(吡啶环原子),即做吡啶环原子平面方程,就可以看到双键C原子到这个平面距离了。

对称码在diamond里就可以直接看到了。如果是在xp里,用info命令就可以计算出来的。
退思补过
5楼2009-11-11 14:15:54
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hcht2006

银虫 (正式写手)

★ ★
dengyyqust(金币+2):谢谢参与
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-18 09:27
在芳环和双键之间各插入一个哑原子,然后测量两个亚原子之间距离。
世人笑我太疯癫,我笑他人看不穿。
2楼2009-11-11 11:18:14
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秦涞

木虫 (正式写手)

四叶草

★ ★
dengyyqust(金币+2):谢谢参与
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-18 09:27
用mercury软件,先取中心,然后量距离就很标准了
珍惜每一天的幸福,我们会幸福一辈子!
3楼2009-11-11 11:22:44
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dengyyqust

铁虫 (小有名气)

谢谢楼上两位的回复,请问对称码如何得到呢
4楼2009-11-11 11:32:33
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