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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » 求助计算π...π堆积距离
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dengyyqust

铁虫 (小有名气)

[交流] 求助计算π...π堆积距离

各位大侠，我的晶体结构中有双键与吡啶环是相互平行的，存在π...π堆积作用，请问如何精确计算出它们之间的间距（堆积距离），多谢了!
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1楼 2009-11-11 11:15:42
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hcht2006

银虫 (正式写手)
★ ★
dengyyqust(金币+2):谢谢参与
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-18 09:27
在芳环和双键之间各插入一个哑原子，然后测量两个亚原子之间距离。
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世人笑我太疯癫，我笑他人看不穿。
2楼2009-11-11 11:18:14
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秦涞

木虫 (正式写手)

四叶草
★ ★
dengyyqust(金币+2):谢谢参与
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-18 09:27
用mercury软件，先取中心，然后量距离就很标准了
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珍惜每一天的幸福，我们会幸福一辈子!
3楼2009-11-11 11:22:44
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dengyyqust

铁虫 (小有名气)
谢谢楼上两位的回复，请问对称码如何得到呢
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4楼2009-11-11 11:32:33
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pop-popy

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
dengyyqust(金币+2):谢谢参与
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 11-11 17:34
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-18 09:27
π...π堆积作用有面对面（face-to-face)和错位面对面(offset faxe-to-face)两种，如果是前面一种，则可以用楼上两位方法计算，后面一种还是在xp里计算为好。方法就是mpln Cn(吡啶环原子)，即做吡啶环原子平面方程，就可以看到双键C原子到这个平面距离了。

对称码在diamond里就可以直接看到了。如果是在xp里，用info命令就可以计算出来的。
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退思补过
5楼2009-11-11 14:15:54
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dpzhang

木虫 (正式写手)
★ ★
dengyyqust(金币+2):谢谢参与
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 11-18 09:28
在XP中做吧，最准确可靠
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生活还要继续
6楼2009-11-11 16:28:00
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pop-popy

金虫 (正式写手)
与楼上同感
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退思补过
7楼2009-11-11 17:10:13
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汤汤泡饭

木虫 (著名写手)

忽忽家族忽忽飘
★
dengyyqust(金币+2):谢谢参与
路过学习
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不要攀，不要比，不要自己气自己！ 忽忽~~~~~~~~~~~~~~~
8楼2009-11-12 19:05:53
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dengyyqust

铁虫 (小有名气)
请问pop-popy，在xp中看到的是双键c原子到吡啶环最小平面的距离，不是双键中心到吡啶环最小平面中心的距离，这个不是堆积距离吧
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9楼2009-11-15 21:58:15
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pop-popy

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你不是线与面平行么？那么线上的任何一点到面的距离是相等的啊，也就无所谓中心的问题人。
赞一下(1人) 回复此楼
退思补过
10楼2009-11-15 23:38:10
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