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求助 circrna表达量选取以及RnaseR实验
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我用生信筛选出乳腺癌中差异表达的circRNA, 用RT-qPCR检测表达量,但是每次目的CT值都在30左右,甚至更高。内参用的GAPDH在16-18左右,我用文献里的一个circRNA的引物做对照,这个circRNA找的不够好引物不特异,ct值也在30左右。我想咨询一下相关大佬,circRNA的绝对表达量都这么低的吗,还是有高的,如果表达量低还能做吗。 我做RnaseR实验,用PCR跑40个循环才有一条较浅的条带,而RnaseR阳性的一点条带都没有了,请问大家都是什么情况,是我的目的基因量太少做出来不明显还是说这个circRNA不耐受RnaseR酶,或者压根就不是环状RNA是线性RNA. 后续我又在做核质分离提取RNA实验,目前还在探索,核质提完RNA大家的CT值都在多少,如果我的还是30出头还能使用吗? 最近做的siRNA敲低,想跳过前面的验证直接看细胞上有没有用,大家有什么好的建议吗,我做的肿瘤细胞,用的opti-mem培养基12h后细胞都死掉了,可能是密度很低,也可能是肿瘤细胞不耐受,我在这里直接转染可以吗 转染后还是要做RT-qPCR来验证敲低效率,RT-qPCR真的对我来说很头大,组里老师说我的CT太大了超过30就是假的 真的是这样吗 |
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