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【求助】charmm中pdb文件的修改内容
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我修改几次都没有成功，谁能具体指导一下charmm中pdb文件的具体修改内容 谢谢指教！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:22 ] |
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bay__gulf
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一般不需要预先改动,所有修改都在charmm 的输入文件中进行 如果是chem3D,MS等生成的,要改一下atomname和resiname charmm 的输入文件有两个部分,建模和模拟, 建模部分就是处理原始的pdb文件,生产适合模拟的pdb/psf 文件,比如加H,修改残基等. namd和charmm兼容,而在namd中建模和模拟是分开进行的 可以用namd的psfgen来处理原始pdb文件. [ Last edited by bay__gulf on 2009-11-8 at 11:29 ] |
5楼2009-11-08 11:27:58
bay__gulf
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superdirac
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4楼2009-11-08 08:54:25