| 查看: 506 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
【求助】charmm中pdb文件的修改内容
|
|||
|
我修改几次都没有成功，谁能具体指导一下charmm中pdb文件的具体修改内容 谢谢指教！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:22 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有3人回复
-
2026年国自然面上资助率
已经有11人回复
-
微信指数没变化，科研之友没阅读
已经有18人回复
-
基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊
已经有8人回复
-
HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣
已经有3人回复
-
小木虫看见有人已经知道结果了
已经有19人回复
-
系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了
已经有15人回复
-
申请2027年材料/化学类博士
已经有5人回复
-
你们的时间戳变了吗
已经有4人回复
-
今年的WR进展到哪一步了？
已经有9人回复
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2009-11-07 08:38:34
3楼2009-11-07 22:29:45
superdirac
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 4269.5
- 散金: 33
- 红花: 2
- 帖子: 536
- 在线: 287.5小时
- 虫号: 522969
- 注册: 2008-03-12
- 专业: 理论和计算化学
4楼2009-11-08 08:54:25
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 11-8 15:53
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 11-8 15:53
|
一般不需要预先改动,所有修改都在charmm 的输入文件中进行 如果是chem3D,MS等生成的,要改一下atomname和resiname charmm 的输入文件有两个部分,建模和模拟, 建模部分就是处理原始的pdb文件,生产适合模拟的pdb/psf 文件,比如加H,修改残基等. namd和charmm兼容,而在namd中建模和模拟是分开进行的 可以用namd的psfgen来处理原始pdb文件. [ Last edited by bay__gulf on 2009-11-8 at 11:29 ] |
5楼2009-11-08 11:27:58