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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】charmm中pdb文件的修改内容
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clwg

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】charmm中pdb文件的修改内容

我修改几次都没有成功，谁能具体指导一下charmm中pdb文件的具体修改内容
谢谢指教！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:22 ]
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1楼 2009-11-07 08:07:54
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
哪里有问题?你想改成什么?
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2楼2009-11-07 08:38:34
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clwg

金虫 (小有名气)
如何从pbd文件准备charmm的输入文件

都有那些东西需要修改/?
要注意些什么呢/?
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3楼2009-11-07 22:29:45
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superdirac

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个问题！ 问得很牛啊！
　　问问题还在兜圈子！
引用回帖:
Originally posted by clwg at 2009-11-7 22:29:
如何从pbd文件准备charmm的输入文件

都有那些东西需要修改/?
要注意些什么呢/?

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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2009-11-08 08:54:25
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 11-8 15:53
一般不需要预先改动,所有修改都在charmm 的输入文件中进行
如果是chem3D,MS等生成的,要改一下atomname和resiname
charmm 的输入文件有两个部分,建模和模拟,
建模部分就是处理原始的pdb文件,生产适合模拟的pdb/psf 文件,比如加H,修改残基等.

namd和charmm兼容,而在namd中建模和模拟是分开进行的
可以用namd的psfgen来处理原始pdb文件.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-11-8 at 11:29 ]
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5楼2009-11-08 11:27:58
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